| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,661,567 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,661,568 | 0 | G | C | 99.7% | 742.7 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (161/148); minor base A (1/0); total (162/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,661,569 | 0 | T | A | 99.7% | 747.1 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (162/147); minor base C (0/1); total (162/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
CAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGAGTACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATAGTCAGCGCCCTAGTGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGAAAAAATTTATTGATCAGTTCTAAAAGCATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCAGCTTTTTAAATATGCCGACGTTAAGT > CP042583/1661290‑1661845 ||| cAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGccc < 1:922192/288‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |