Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 501,825 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 501,825 | 0 | A | T | 99.4% | 723.1 / NA | 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (166/138); minor base G (0/2); total (167/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 501,826 | 0 | G | C | 99.3% | 709.1 / NA | 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (165/138); total (167/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 501,827 | 0 | C | G | 99.7% | 721.0 / NA | 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (164/140); total (167/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
GCCTGACCCGCAGCCCGGAACAGCAAAAGGTGGTGGATCGCCTGACGCCAGATGCCGACGACACGGTGCTGGTGAAGTGGCGCTACAGCGCGTTTCATCGTTCTCCGCTGGAGCAAATGCTGAAAGAGAGTGGACGTAACCAGCTGATTATTACCGGGGTATATGCCCACATTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGAGCCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATAGCGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTAC > CP042583/501553‑502098 ||| gccTGACCCGCTCGCCGGAACAGCAAAAGGTGGTGGATCGCCTGACGCCAGATGCCGACGACACGGTGCTGGTGAAGTGGCGCTACAGCGCGTTTCATCGTTCTCCGCTGGAGCAAATGCTGAAAGAGAGTGGACGTAACCAGCTGATTATTACCGGGGTATATGCCCACATTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTgg > 1:1352515/1‑288 (MQ=255) ctcgccGGAACAGCAAAAGGTGGTGGATCGCCTGACGCCAGATGCCGACGACACGGTGCTGGTGAAGTGGCGCTACAGCGCGTTTCATCGTTCTCCGCTGGAGCAAATGCTGAAAGAGAGTGGACGTAACCAGCTGATTATTACCGGGGTATATGCCCACATTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCCCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTTCGTGAAATCTGGTGCCGGACGt > 2:929645/5‑286 (MQ=255) ggagaaGCAAAAGGTGGTGGATCGCCTGACGCCAGATGCCGACGACACGGTGCTGGTGAAGTGGCGCTACAGCGCGTTTCATCGTTCTCCGCTGGAGCAAATGCTGAAAGAGAGTGGACGTAACCAGCTGATTATTACCGGGGTATATGCCCACATTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCgg < 1:1786198/284‑1 (MQ=255) ggAACAGCAAAAGGTGGTGGATCGCCTGACGCCAGATGCCGACGACACGGTGCTGGTGAAGTGGCGCTACAGCGCGTTTCATCGTTCTCCGCTGGAGCAAATGCTGAAAGAGAGTGGACGTAACCAGCTGATTATTACCGGGGTATATGCCCACATTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCgg < 1:2515176/289‑1 (MQ=255) cAAAAGGCGGTGGATCGCCTGACGCCAGATGCCGACGACACGGTGCAGGTGCAGTGGCGCTACAGCCCGGTTCATCGTTCTCCCCTGCAGCAAATGCTGAAACAGAGTGGACGTAACCAGCCGATCATTACCGGGGTATATGCCCACATTGGCTGTATGAACACCGCAACCGACGCATTTATGCCCGATATTACACCGTTGTCTGTGGCCGATTCGCCGCCCTATTTCAGCCGCTACGACAATATTATGTCACTGACACAGGTGGCCGCACGTTGCGGTCGggtgcgga > 2:2387150/1‑285 (MQ=255) aaaaGGTGGTGGATCGCCTGACGCCAGATGCCGACGACACGGTGCTGGTGAAGTGGCGCTACAGCGCGTTTCATCGTTCTCCGCTGGAGCAAATGCTGAAAGAGAGTGGACGTAACCAGCTGATTATTACCGGGGTATATGCCCACATTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGggtggt < 1:259343/286‑1 (MQ=255) tggATCGCCTGACGCCAGATGCCGACGACACGGTGCTGGTGAAGTGGCGCTACAGCGCGTTTCATCGTTCTCCGCTGGAGCAAATGCTGAAAGAGAGTGGACGTAACCAGCTGATTATTACCGGGGTATATGCCCACATTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTTGCCGGACGTTCTGGCCGGGGGGTGAGGACTgaaga > 2:549961/1‑289 (MQ=255) 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agagagTGGACGTAACCAGCTGATTATTACCGGGGTATATGCCCACATTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATgac < 1:2322830/289‑1 (MQ=255) agTGGACGTAACCAGCTGATTATTACCGGGGTATATGCCCACATTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGcc > 1:563148/1‑251 (MQ=255) agTGGACGTAACCAGCTGATTATTACCGGGGTATATGCCCACATTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGCGATCCTGc > 1:957657/1‑250 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |