| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,667,591 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,667,591 | 0 | A | T | 98.4% | 720.1 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (143/157); minor base G (5/0); total (149/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.60e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,667,592 | 0 | G | C | 99.7% | 715.3 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (147/157); total (149/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,667,593 | 0 | C | G | 99.0% | 705.9 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (144/156); total (149/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
TGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCAGCATTAGCTGGGCGTTTGGCAGTGTTTATGGCAGCCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑AGCATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTAGTGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTAGCATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGAGCAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATAT > CP042583/1667314‑1667869 ||| tGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑TCGATGATTGc < 2:460014/288‑1 (MQ=255)tGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGGGTTAATGATCGCG‑GCGATGATTGCg > 1:415522/1‑289 (MQ=255) tGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑TCGATGATTGCGGGGGaaaa > 1:2398147/1‑289 (MQ=255) ccccTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCATACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGAGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGACGCTGGCGGCCGGCGTGGTGTTCATCGTCGCG‑TCCATGAGTGCggggggagaac > 2:219586/1‑281 (MQ=255) ccTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑TCGATGATTGCGGGTGAAAAACTg > 1:383019/1‑289 (MQ=255) ccTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑TCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCtc < 1:1577326/289‑1 (MQ=255) tgtgCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑TCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCtc > 1:493973/1‑287 (MQ=255) 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tgCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑TCGATGGTTGCGGGGGAAAAACTGACGGGGCtccct > 2:179986/1‑288 (MQ=255) tgCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑TCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCtccct > 2:258624/1‑288 (MQ=255) tgCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGGGGTGTTAATGATCGCG‑TCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCtccct > 1:99119/1‑288 (MQ=255) gCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑TCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCtccctt > 1:1814319/1‑288 (MQ=255) agtgcacctgccGGTTTGGATTTAACGCGCGCAAACTGGCAGGGGTGGGTACTGATGTTGTGATTGCCGGAAGAATCAGGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAAGCCGTGGGGCGCGATTCTGATTATGATCGGCACGAGTAGCTGGGCGTTTGTCTCAGTTTATGGCGCGGGCATGACCTTGCCTGGAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑TCGATGATGGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCtccctt < 2:1017044/279‑1 (MQ=255) cTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑TCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCtcccttc < 2:2398147/288‑1 (MQ=255) cgccTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑TCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTcccttccctttc < 1:628168/287‑3 (MQ=255) gccTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTTTAGGGATGATGGCGGTTGCGATTGTGATGCTGGCGGTAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑TTCATGTTTGCGGGTTAAAAACTGAACGCCCccctttcccctttagg > 2:3099413/1‑282 (MQ=255) aaaCGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGTCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATGGCG‑TCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCgg < 1:87095/289‑1 (MQ=255) cgcAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGGGTTAATGATCGCG‑GCGAGGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGGGCtcccttccc > 2:1209090/1‑262 (MQ=255) gtgggtATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCTGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑TCGCGGAATGCGGGTGAGAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCCGGCTTCCTTGCGGTCGGGTTTCTGGCGCTGCTTGGtt > 2:1913944/1‑288 (MQ=255) gtgggtATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑TCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGtt > 1:166413/1‑288 (MQ=255) gtgggtATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑TCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGt > 1:2056683/1‑288 (MQ=255) gggtATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑TCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGttcg > 1:279781/1‑286 (MQ=255) ttGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑TCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGttcgattat < 2:1270897/289‑9 (MQ=255) 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gggCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑TCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCa < 2:930938/289‑1 (MQ=255) ggCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑TCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCa < 2:397613/288‑1 (MQ=255) tGCCGGAATCATCATGGTCAATGGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGTGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑TCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCt < 1:1516141/289‑1 (MQ=255) 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TGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCAGCATTAGCTGGGCGTTTGGCAGTGTTTATGGCAGCCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCG‑AGCATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTAGTGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTAGCATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGAGCAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATAT > CP042583/1667314‑1667869 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |