Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,667,672 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,667,672 | 0 | A | T | 99.1% | 760.5 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (149/166); minor base C (3/0); total (152/166) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.08e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,667,673 | 0 | G | C | 99.1% | 752.0 / ‑5.7 | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (150/165); minor base T (2/1); total (152/166) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.08e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,667,674 | 0 | C | G | 99.7% | 748.6 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (151/166); minor base T (1/0); total (152/166) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
TGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCAGCATTAGCTGGGCGTTTGGCAGTGTTTATGGCAGCCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGAGCATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTAGTGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTAGCATTATCGCCATCAACGCTTATA‑TGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGAGCAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCGGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCAAGTAGCGAGTAATCAAGCGAGTAAATGAATCCCCTGC > CP042583/1667392‑1667951 ||| cATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGcc < 1:179986/289‑1 (MQ=255) ttGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCAt < 2:166413/289‑1 (MQ=255) gggCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGTGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCa < 1:1913944/289‑1 (MQ=255) gggCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGCTGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCa > 1:1006966/1‑289 (MQ=255) gggCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCa < 2:930938/289‑1 (MQ=255) ggCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCa < 2:2056683/288‑1 (MQ=255) gCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCaa < 1:812560/288‑1 (MQ=255) ggACTCAGCATGCTTAATAGCGTTGGAAAGTTAAGCGGGAAGCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTtata < 2:2336702/289‑1 (MQ=255) gAATCATCATGCTCAATGGGGGTGGCAATTTAACCGGCAGTCCGTGGGGGGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCATACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTtata < 2:415522/288‑1 (MQ=255) aaTCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTata‑t < 1:1946519/288‑1 (MQ=255) catgcggagtaggtgTGGAAATTTAGTGGGCTATACGTGGGGGGCGATTCTGGTGTTCATCGGTACGATTAGCTGGGCGTTTGTCTCAGGTGGTGGCTGGAGC‑ATTGCGTTGCTTGGAGGTATGATGGCGGGTGCGAGTGATATGCTGGAGGCACGCGTGGTGTTGACGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGTAAAACTGACGGCGCTCCCATCCCTTTCAGGCTCCCTAGCGGTCGGCTATTTGGCGCTGTTTTGTTTGATTATCGCCATCAACGCTTATA‑TGTATTTa < 2:3099652/275‑1 (MQ=255) cTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCTCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATA‑TGTATTTAATcc > 1:572166/1‑289 (MQ=255) aTAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATA‑TGTATTTAATCCGTaa < 2:448460/289‑1 (MQ=255) tAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCt > 1:2306495/1‑268 (MQ=255) gagggggtgAAATTTAGGCGGCACTCCTTGGGTGTCGATTCTGTTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCTTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATA‑TGTATTTAATCCGTAAt < 2:160712/281‑1 (MQ=255) gAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATA‑TGTATTTAATCCGTAATGTCAGTcc > 1:859096/1‑289 (MQ=255) gggCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATA‑TGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGc < 2:1495992/288‑1 (MQ=255) ggCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTTCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTCCGATTATCGCCCTCAACGCCTATAGTGT‑TTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCCCTCGCCACCCGCTACCCtc > 2:1741719/1‑288 (MQ=255) ggCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCTCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATA‑TGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCt < 1:219586/288‑1 (MQ=255) 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ttttAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATA‑TGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCgg < 1:308853/288‑1 (MQ=255) aaTCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGAGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGAGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGATTCCTTGCGGTCTGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGCTTATCGCTATCAACGATTCTA‑GGTATTTAATCAGTAATGTCAGTTCGGCCCTCGCAACCAGCTACGCCTACg > 2:569743/1‑275 (MQ=255) atcggctcgtttAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGC‑TCGGCAATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATA‑TGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTcg < 2:2914233/279‑1 (MQ=255) gctcgaTTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATA‑TGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCCGCt > 2:818876/6‑261 (MQ=255) gctcgaTTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATA‑TGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCgg > 1:339641/6‑288 (MQ=255) tcgaTTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATA‑TGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCt > 1:2274290/4‑264 (MQ=255) ttAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATA‑TGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCt < 1:389586/289‑1 (MQ=255) gCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATA‑TGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACgg > 1:3018/1‑289 (MQ=255) tggctcagtTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTGCCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATc < 2:1225796/183‑1 (MQ=255) tggctcagtTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATc > 1:1225796/8‑190 (MQ=255) tggctcagtTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATA‑TGTAtt > 2:331018/8‑206 (MQ=255) tggctcagtTTATGGCTCGCGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATA‑TGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTg > 1:2549715/8‑289 (MQ=255) cgcGC‑ATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATA‑TGTATTTa < 2:499401/189‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |