Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,675,978 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,675,978 | 0 | A | T | 100.0% | 1059.2 / NA | 436 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,675,979 | 0 | C | G | 99.5% | 1048.0 / NA | 436 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (218/216); minor base T (0/2); total (218/218) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,675,980 | 0 | T | A | 100.0% | 1056.0 / NA | 436 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (218/218); total (218/218) |
Only 100 of 436 total aligned reads displayed.
AGCCCATCCCCCGGATTGTGGCAATTAGCTTTTCAGGAAAAGGATCATCAACTTTTGCGCGGAGCCTGCGAATGGCGACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTACTATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAAACTAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAG‑CCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTAAGGCAAATAACAGGGGTTTGCTTTGCTGTTCTTAACGTTTGTAAGATCTGCCAGCCATCCATACCCGGAAGCATAATATCCAGAATGATCAATGCATAATCATCCTTCAGCGCAAGATAAAGCCCATCTCTGCCA > CP042583/1675701‑1676251 ||| tCCCCCGGATTGTGGCAATTAGCTTTTCAGGAAAAGGATCATCAACTTTTGCGCGGAGCCTGCGAATGGCGACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATg > 1:1656794/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |