Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,677,046 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,677,046 | 0 | A | T | 99.6% | 560.8 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,677,047 | 0 | G | C | 100.0% | 552.0 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (130/105); total (130/105) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,677,048 | 0 | C | G | 100.0% | 557.7 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (130/105); total (130/105) |
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
AACAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATAGTACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAAAGTGATGTTACGGCCGAGAGCGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTGCTTAGCTGGTTTAAAGGGAACGATCGC‑CCGCCCGCCCCCGCCGGAAAAGCGCTGGAGTTCAGCAAGCCTGCCGCCTGGCAAAATAACCTGCCACTGACGCCAGCAGATAAAGTTTCCGGTTATAATAACTTCTATGAATTCGGGCTGGATAAAGCCGATCCCGCCGCTAATGCTGGTAGCCTGAAAACC > CP042583/1676768‑1677327 ||| ccTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTaa < 2:595088/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |