| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,681,357 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,681,357 | 0 | A | T | 99.5% | 1028.2 / NA | 427 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,681,358 | 0 | G | C | 100.0% | 1027.0 / NA | 427 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (204/223); total (204/223) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,681,359 | 0 | T | A | 100.0% | 1031.5 / NA | 427 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (204/223); total (204/223) | |||||||||||
Only 100 of 427 total aligned reads displayed.
CTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAAAGTGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTAAGCATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATAGTTTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCAACGTATTGTTCAGAGTGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGAACTGGTTGGATATACAAGATTCTTTTGATGCTTCTGGTTTTAACCTGATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGAC > CP042583/1681077‑1681638 ||| ctcCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTCCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAATCAGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTATCGATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAGGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATTCATTaaga < 1:1130538/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |