Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,681,870 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,681,870 | 0 | A | T | 99.7% | 840.3 / NA | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,681,871 | 0 | G | C | 99.7% | 834.9 / NA | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (162/187); minor base A (0/1); total (162/188) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,681,872 | 0 | T | A | 99.4% | 833.6 / NA | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base A (162/185); total (162/188) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
GCTTCTGGTTTTAACCTGATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTAGTTTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCTTTGCAGAGACTGCATCACGCTAATGATACAGACAGCTTTAGCGCGACGAATGTTCATTAATTAACAACTTTGCAGATTAATTAACCAATTGAAATGACTTATGAAATTTAGTGTTGACAGACAAGGTACCGCTAAGTAATATTCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGA > CP042583/1681591‑1682140 ||| gATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGACTGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAAttt > 1:361960/1‑289 (MQ=255) tattCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTAt < 1:1005684/289‑1 (MQ=255) gAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAg < 1:861818/289‑1 (MQ=255) aaGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGa > 2:2014167/1‑289 (MQ=255) cGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCt < 2:1987851/289‑1 (MQ=255) gCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCtt > 1:1407606/1‑289 (MQ=255) cATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCTTTGc < 1:1742166/289‑1 (MQ=255) 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ccGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCTTTGCAGAGACTGCATCAc < 1:1441925/289‑1 (MQ=255) ccGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCTTTGCAGAGACTGCATCAc < 1:2552775/289‑1 (MQ=255) aCGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAg > 1:508623/1‑261 (MQ=255) aCGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCTTTGCAGAGACAGCATCACGCTaa < 2:524881/289‑1 (MQ=255) gATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCTTTGc > 1:1691245/1‑265 (MQ=255) gATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCTTTGCaga > 2:631361/1‑268 (MQ=255) 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gATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCTTTGCAGAGACTGCATCACGCTAATGAt > 1:3087425/1‑288 (MQ=255) gcgcCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCTTTGCAGAGACTGCATCACGCTAATGATacaga < 2:2542463/289‑1 (MQ=255) cgcCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGCTCCTTTTCAGACACTGCATCACGCTAATGATacag > 2:2825920/1‑287 (MQ=255) 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tttATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGGTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTATTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGAACCTTTGCAGAGACTGCATCACGCTAATGATa > 1:2017280/1‑268 (MQ=255) tCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCTTTGCAgaga < 1:2497129/244‑1 (MQ=255) tCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAATGTTTTGCCGTACTTTCTGAATATTTCTTTAGCGCCCCAGAACTTTTTGCTCCTCGTTTCCCTTCATTGTGGCAACGTTTCTGCCAATTTTATCAACAAGATCCTTTGCAGAGACTGCATCACGCTaa < 2:273297/258‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |