| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,691,994 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,691,994 | 0 | A | T | 100.0% | 924.8 / NA | 381 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (195/186); total (195/186) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,691,995 | 0 | G | C | 100.0% | 904.6 / NA | 381 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (195/186); total (195/186) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,691,996 | 0 | T | A | 99.7% | 916.9 / NA | 381 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (195/185); total (195/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 381 total aligned reads displayed.
TCAGTATGATGACGACTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATAGTACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGTTTTGCCTGGCTTGCCGATCGTTTTGGTCGCCGTAGGGTTTATATCACAGGTACGTTAATCGGAACGTTGAGCGCATTTCCTTTCTTTATGGCGCTTGAAGCACAATCTATTTTCTGGATAGTTTTCTTCTCCATAATGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAA > CP042583/1691716‑1692275 ||| tgaCGACTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCt > 1:1010607/1‑289 (MQ=255) acTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTCCATCGTTACTGCTTTTGCCCTTAATTATTCAACCCAGAAACTGGGCCAACcg > 2:2369486/1‑288 (MQ=255) acTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACcgc > 1:2014476/1‑289 (MQ=255) acTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGAGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTCCACCTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACcg > 2:1400006/1‑288 (MQ=255) ttttAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCt < 2:838127/289‑1 (MQ=255) ggCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGt < 1:138799/288‑1 (MQ=255) gCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGtt < 2:1898210/288‑1 (MQ=255) tGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTg < 1:553879/288‑1 (MQ=255) tGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAg < 1:1896461/289‑1 (MQ=255) aatggaatgggaatggGGGGATTGTGGGTGCGCAATGGGAAGGAGGAGTACGCGGAAATTGAACAACAGGAAAATTATTAAGGCGCCGCGAAAAAACGCATTCCGGTTATCGGAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGGTTATTGCGGTACGACTGTGCGAATTTCTGAAGAAGTACATCGGTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTg < 2:447493/275‑1 (MQ=255) tactggtactggGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTCCCGCGCGACCTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAAt > 1:3018675/1‑289 (MQ=255) tactggtactggGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAAt > 2:2513654/1‑289 (MQ=255) tactggtactggGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAAt > 1:628118/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |