Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,694,681 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,694,681 | 0 | A | T | 100.0% | 726.8 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,694,682 | 0 | G | C | 99.7% | 718.5 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (147/152); minor base A (0/1); total (147/153) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,694,683 | 0 | T | A | 100.0% | 727.2 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (147/153); total (147/153) |
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
TTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTATGCAAAATTCGGTGTAGAAATCTATGCTGCTGCTAAACAAGGTGAACCCGATCCAGAATTAAACACATCTTTAAAATTCGTTATTGAACGTGCAAAGCAGGCACAAGTTCCAAAGCACGTTATTGATAAAGCAATTGATAAAGCCAAAGGCGGCGGAGATGAAACGTTCGTGCAGGGACGTTATGAAGGCTTTGGTCCTAATGGCAGTATGATTATCGCCGAGACATTGACTAGTAATGTTAACCGTACGATTGCTAACGTTCGCACAATTTTCAATAAAAAAGGCGGCAATATCGGAGCGGCAGGTTCTGTCAGCTATATGTTTGACAATACGGGTGTGATTGTATTTAAAGGGACAGACCCTGACCATATTTTTGAAATTTTACTTGAAGCTGAAGTTGATGTTCGTGATGTGACTGAAGAAGAAGGTAACATTGTTATTTATACTGAACCTACTGACCTTCATAAAGGAATCGCGGCTCTAAAAGCAGCTGGAATCACTGAG > CP042583/1694406‑1694953 ||| ttgCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTATGCAAAATTCGGTGTAGAAATCTATGCTGCTGCTAAACAAGGTGAACCCGATCCAGAATTAAACACATCTTTAAAATTCGTTATTGAACGTGCAAAGCAGGCACAAGTTCCAAAGCACGTTATTGATAAAGCAATTGATAAAGCCAAAGGCGGCGGAGATGAAACGTTCGTGCAGGGACGTTATGAAGGCTTTGGTCCTAATGGCTCAATGATTATCGCCGAGACATTGACTTCAAATGTTAACCg > 1:641090/1‑289 (MQ=255) tAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTATGCAAAATTCGGTGTAGAAATCTATGCTGCTGCTAAACAAGGTGAACCCGATCCAGAATTAAACACATCTTTAAAATTCGTTATTGAACGTGCAAAGCAGGCACAAGTTCCAAAGCACGTTATTGATAAAGCAATTGATAAAGCCAAAGGCGGCGGAGATGAAACGTTCGTGCAGGGACGTTATGAAGGCTTTGGTCCTAATGGCTCAATGATTATCGCCGAGACATTGACTTCAAATGTTAACCGTAc < 1:698306/288‑1 (MQ=255) aaaaaaaCGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTATGCAAAATTCGGTGTAGAAATCTATGCTGCTGCTAAACAAGGTGAACCCGATCCAGAATTAAACACATCTTTAAAATTCGTTATTGAACGTGCAAAGCAGGCACAAGTTCCAAAGCACGTTATTGATAAAGCAATTGATAAAGCCAAAGGCGGCGGAGATGAAACGTTCGTGCAGGGACGTTATGAAGGCTTTGGTCCTAATGGCTCAATGATTATCGCCGAGACATTGACTTCAAATGTTAACCGTACGa < 1:1959251/289‑1 (MQ=255) ttcAACGTCTAAAATTTATGCAAACTTCGGTGTAGAAATCTATGCTGCTGCTAAACAAGGTGAACCCGATCCAGAATTAAACACATCTTTAAAATTCGGTATTGAACGTGCAAAGCAGGCACAAGTTCCAAAGCACGTTATTGATAAAGCAATTGATAAAGCTAAAGGCGGTGGAGATGAAACGTTCGTTCAGGGACGTTATGAAGGTTGTGGTGCTCATGGCTCAATGATTCTCGCAGAGACATGGACTTCAAATGTTAACCGTACGATTGATAGCTTACGCACGAtt > 2:711788/3‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |