| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,696,446 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,696,446 | 0 | G | C | 100.0% | 574.2 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (110/129); total (110/129) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,696,447 | 0 | C | G | 99.6% | 570.6 / ‑6.2 | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (110/128); minor base T (0/1); total (110/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,696,448 | 0 | T | A | 100.0% | 576.1 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (110/129); total (110/129) | |||||||||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
GCAACTGAATCTCTGCTTGCGCTATCTGCCCTACCCCCAACCTTCGGCCTGTAATGATCGTAGAAGCAGAGCCGAGCGCACTTCCGGGTAAGTTGATAAGAGCCGCAATACTAAACGCGATAAAATTTCCGGCAATAACACTGGTCCCCATCCCGGCAACGAACATTTGGGTTAATAACCGACCACTGGTAAATAACACACTTTCGACACTCGCGGGAATACCAATCCCCATGACTTCCCAGATAATGCTAAAATTCAGCGGTTTAAAATAGCTCTTTAAGCTAATCCTTAGCGCAGGATTAAAACCAATCGCCAGCACCCACAAAATTGCAACTGCGCCAATATAACGAGAAATGGTTAAACCCAGCCCTGCCCCGACAAATCCCAGTCCCGGCCAGGAGAAAAGGCCGTAAATCAATATGCCGCTAATAATAATATTAAGAATATTCAGGCTACCGTTAATCAATAGCGGTATTTTCGTATTCCCTGCACCACGAAGTGCCCCGCTACCAATAAGAGTGATGGCAGCTGCTGGATAACTGAGTACCGTCAGCTCCAGAT > CP042583/1696166‑1696726 ||| gCAACTGAATCTCTGCTTGCGCTATCTGCCCTACCCCCAACCTTCGGCCTGTAATGATCGTAGAAGCAGAGCCGAGCGCACTTCCGGGTAAGTTGATAAGAGCCGCAATTGAAAACGCGATAAAATTTCCGGCAATAACACTGGTCCCCATCCCGGCAACGAACATTTGGGTTAATAACCGACCACTGGTAAATAACACTGATTCGACACTCGCGGGAATACCAATCCCCATGACTTCCCAGATAATGCTAAAATTCAGCGGTTTAAAATAGCTCTTTAACGAAATCCt < 1:86652/289‑1 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tCCCCATCCCGGCAACGAACATTTGGGTTAATAACCGACCACTGGTAAATAACACTGATTCGACACTCGCGGGAATACCAATCCCCATGACTTCCCAGATAATGCTAAAATTCAGCGGTTTAAAATAGCTCTTTAACGAAATCCTTAGCGCAGGATTAAAACCAATCGCCAGCACCCACAAAATTGCAACTGCGCCAATATAACGAGaa > 1:2685496/1‑209 (MQ=255) cctaaacccGGAAAAGAGCAGTTGGATGAATAACCGAACACTGGTAAAGAACACGGATACGAGACGCGCGGGAATACCAAGCCCCATGACTACCCAGATAATGCTAAAATTCAGCGGGTTAAAATAGCTCTTTAACGAAATCCTTAGAGAAGGATTAAAACCAATCGGCAGCAACCCCAAAATTGCAACGGCGGCAATATAACGAGAAATGGTTAAGCCCAGCCCTGCCCCGACAAAGCCCAGTCCCGGCCAGGAGAAAAGGCCGTAAAGCAATATGCCGCtaataata < 2:1675088/283‑1 (MQ=255) ccccATCCCGGCAACGAACATTTGGGTTAATAACCGACCACTGGTAAATAACACTGATTCGACACTCGCGGGAATACCAATCCCCATGACTTCCCAGATAATGCTAAAATTCAGCGGTTTAAAATAGCTCTTTAACGAAATCCTTAGCGCAGGATTAAAACCAATCGCCAGCACCCACAAAATTGCAACTGCGCCAATATAACGAGAAATGGTTAAACCCAGCCCTGCCCCGACAAATCCCAGTCCCGGCCAGGAGAAAAGGCCGTAAATCAATATGCCGCtaataata < 1:619162/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |