| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,699,929 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,699,929 | 0 | A | T | 100.0% | 984.5 / NA | 407 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (217/190); total (217/190) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,699,930 | 0 | C | G | 99.8% | 972.4 / NA | 407 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (216/190); minor base T (1/0); total (217/190) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,699,931 | 0 | T | A | 100.0% | 982.2 / NA | 407 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (217/190); total (217/190) | |||||||||||
Only 100 of 407 total aligned reads displayed.
ACGATGGTTCATTACCCAATAAGATTGAAAGCTCACCACTTTGTTGAAATTGACAGCAAACAAACAAAAAAATGCATTTCACCCTTTGACATCACCATGCACTGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTACTACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCGCTTCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTGATAAACGCCCGCAAAGATGGGGTTACCGGCAATGGCACTTTTCGGTCAGACTCATATTCTGCACGATTGCGGCTCAATGGCTCATGAACTTCCAGCCAGTTGCTGCCATCTGGTTCAGTGGTGTATTTTACTGGCTGGTCGATAATTTGCACACGCGTCCCAACAGGAACATTATCAAACAGATATTTGATATCGTC > CP042583/1699651‑1700210 ||| cGATGGTTCATTACCCAATAAGATTGAAAGCTCACCACTTTGTTGAAATTGACAGCAAACAAACAAAAAAATGCATTTCACCCTTTGACATCACCATGCACTGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACt > 1:1331647/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |