| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,700,607 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,700,607 | 0 | G | C | 100.0% | 1004.4 / NA | 421 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (214/204); minor base A (0/2); total (214/207) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.40e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,700,609 | 0 | T | A | 99.5% | 1003.4 / NA | 421 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (214/204); minor base C (0/2); total (214/207) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 421 total aligned reads displayed.
GCCCGCAGGAACAAATGCGGGCAAACTCTCCCCTCGTTTCGCATATTCGCGCCGAGTGTTCGGCGTTGGCGTCCAGGTTGGAGCTTCTTGTTTACGTTCAACGGTAGTCACCCAGTTACGCGGGGTTTCTCGCCCAGCCTGGCCGATACCAATAGGAAAGACTTCCACAGTATTACTGTCTGGTGGGTAGTAATAAAGACGCATCTCAGCGACGTTAACAACAATCCCTTTACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGGCTGCCAGACTTCGGCAAAAAAACATCAGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATGTTACTTAACCCTTGCCCGTATTGTGCGGCAAAAGTCTCCAGCGGCTGGGTATTGTGATCAGGAACAGTTACAGTAAAGCTCTGCCCCACTAAACGGCTACCCTCTGGAGGTAATGGATAAGTTACCGCCAGGCTAGTATGGCTGGCAAAAAGCAGAGCAAAACTGCAAAGAATATTTACACGACGCATCATGTCCCTTTCCTATGTCGCGAAAGCTATCCGTTAAGTA > CP042583/1700331‑1700886 ||| aaCAAATGCGGGCAAACTCTCCCCTCGTTTCGCATATTCGCGCCGAGTGTTCGGCGTTGGCGTCCAGGTTGGAGCTTCTTGTTTACGTTCAACGGTAGTCACCCAGTTACGCGGGGTTTCTCGCCCAGCCTGGCCGATACCAATAGGAAAGACTTCCACAGTATTACTGTCTGGTGGGTAGTAATAAAGACGCATCTCAGCGACGTTAACAACAATCCCTTTACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGCGAGCCAGACTTCGGCaaaaaa > 1:907675/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |