Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,700,736 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,700,736 | 0 | G | C | 99.8% | 980.8 / NA | 411 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,700,737 | 0 | C | G | 99.8% | 975.3 / NA | 411 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (207/203); total (207/204) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,700,738 | 0 | T | A | 99.8% | 986.2 / NA | 411 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (206/203); minor base G (0/1); total (207/204) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 411 total aligned reads displayed.
TCTCGCCCAGCCTGGCCGATACCAATAGGAAAGACTTCCACAGTATTACTGTCTGGTGGGTAGTAATAAAGACGCATCTCAGCGACGTTAACAACAATCCCTTTACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGGCTGCCAGACTTCGGCAAAAAAACATCAGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATGTTACTTAACCCTTGCCCGTATTGTGCGGCAAAAGTCTCCAGCGGCTGGGTATTGTGATCAGGAACAGTTACAGTAAAGCTCTGCCCCACTAAACGGCTACCCTCTGGAGGTAATGGATAAGTTACCGCCAGGCTAGTATGGCTGGCAAAAAGCAGAGCAAAACTGCAAAGAATATTTACACGACGCATCATGTCCCTTTCCTATGTCGCGAAAGCTATCCGTTAAGTATAGCTTTTATCAGACTTTTCGTTTTTAACTGTTCAAATCAGAAGTCGTATTCCCCGGTAGAACAATATTACTGGCAGCAAGTTCGCCCATGTTGTTGTATATCGCACAGGCAGCTTCGATGATGGGCA > CP042583/1700458‑1701014 ||| cTGGCCGATACCAATAGGAAAGACTTCCACAGTATTACTGTCTGGTGGGTAGTAATAACGACGCATCTCAGCGACGTTAACAACAATCCCTTTACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGCGAGCCAGACTTCGGCAAAAAAACATCAGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATGTTACTTAACCCTTGCCCGTATTGTGCGGCAAAAGTCTCCAGCGGCTGGGTATTGTGATCAGGAACAGTTACAGTAAACGACTGCCCCACTAAACGGCTa < 1:1379918/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |