Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,710,574 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,710,574 | 0 | A | T | 99.3% | 695.6 / ‑6.3 | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,710,575 | 0 | C | G | 100.0% | 698.0 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (162/135); total (162/135) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,710,576 | 0 | T | A | 99.7% | 702.5 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (161/134); total (162/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
CATGGTCATTCTCCTTTACGGTGATAACCGTCGCGTAAGCAAAAAATTGCCCCATTTTTTTGGATTCCTCAGCGACAACAACTGTCGATTTTTAGTAAATATCTATCCGGTACGAAGCCCGGCCTCTTGGTATGAATGATTGGTTTGAAGCAAAAAATAACCGACGCTGATGAAACGTCGGTTTTTAGTCATTTTTTGACAGCGGCGCATTGTGCCTAAATGGGGGGGAAATGACAAGAGAATGAGAGGCTTGTCAGAATAATTTTTCTTTAAATGGCACTTTTTCCGTCATCAGATTTTG‑CATAAACACCGGCGATCG‑CACTATTTGCTAAAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTG > CP042583/1710296‑1710861 ||| ggTCATTCTCCTTTACGGTGATAACCGTCGCGTAAGCAAAAAATTGCCCCATTTTTTTGGATTCCTCAGCGACAACAACTGTCGATTTTTAGTAAATATCTATCCGGTACGAAGCCCGGCCTCTTGGTATGAATGATTGGTTTGAAGCAAAAAATAACCGACGCTGATGAAACGTCGGTTTTTAGTCATTTTTTGACAGCGGCGCATTGTGCCTAAATGGGGGGGAAATGACAAGAGAATGAGAGGCTTGTCAGAATAATTTTTCTTTAAATGGCTGATTTTCCGtca > 1:1343327/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |