| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,712,749 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,712,749 | 0 | A | T | 100.0% | 1145.5 / NA | 474 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,712,750 | 0 | C | G | 100.0% | 1126.9 / NA | 474 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (217/257); total (217/257) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,712,751 | 0 | T | A | 99.6% | 1137.4 / NA | 474 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (216/255); minor base C (1/1); total (217/257) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 474 total aligned reads displayed.
AATGAGCAGACTATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCACTCAAATTATGTTTCAGGGGTTCTGGCTTCCCCTTACCTTCAAATGGCGTTCTGCGGGTATCTTTGATAAGTTCATTGATCTTTTTAACAATTCGCTTATCTGTTTCCTGCCAGTACAGATAATCGTCCCAACTTTCCTCAGACCAGATTAGTTTCACTCAATGATGTCCTTTTCCGTTCCTTTGCCACTTTTCAGGCTATCGATACTGTCCATCAATCTCCGGGCGTTAGCGGGGGAGCGCAGTAGATAAGCCGTCTCTTCCAGGCTGTTGTATTCTTCGAGACTCATCAGAACACAAGCCTCTCCATTCTGACGAGTAATAAGGATCGGGGCATGATCTTCAACGGCTTTCATCATTGTTGCGCTCAAATTCTGACGCGCTTCGCTGTAGCTAATTGTACGCATGTCAATCTCCTCTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGG > CP042583/1712471‑1713029 ||| aaTGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCTGACAAATTATGTTTCAGGGGTTCTGGCTTCCCCTTACCTTCAAATGGCGTTCTGCGGGTATCTTTGATAAGTTCATTGATCTTTTTAACAATTCGCTTATCTGTTTCCTGCCAGTACAGATAATCGTCCCATGATTCCTCAGACCAGATTAGTTTCACTCAATGATGTCCTTTTCCGTTCCTTTGCCTGATTTCAGGCTATCGATTGAGTCCATCa > 2:2371656/1‑289 (MQ=255) aTGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCTGACAAATTATGTTTCAGGGGTTCTGGCTTCCCCTTACCTTCAAATGGCGTTCTGCGGGTATCTTTGATAAGTTCATTGATCTTTTTAACAATTCGCTTATCTGTTTCCTGCCAGTACAGATAATCGTCCCATGATTCCTCAGACCAGATTAGTTTCACTCAATGATGTCCTTTTCCGTTCCTTTGCCTGATTTCAGGCTATCGATTGAGTCCATCaa > 1:3175424/1‑289 (MQ=255) agcagtgaaTCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCTGACAAATTATGTTTCAGGGGTTCTGGCTTCCCCTTACCTTCAAATGGCGTTCTGCGGGTATCTTTGATAAGTTCATTGATCTTTTTAACAATTCGCTTATCTGTTTCCTGCCAGTACAGATAATCGTCCCATGATTCCTCAGACCAGATTAGTTTCACTCAATGATGTCCTTTTCCGTTCCTTTGCCTGATTTCAGGCTATCGATTGAGTCCATCAAtc > 2:3184619/9‑288 (MQ=255) agtgaaTCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCTGACAAATTATGTTTCAGGGGTTCTGGCTTCCCCTTACCTTCAAATGGCGTTCTGCGGGTATCTTTGATAAGTTCATTGATCTTTTTAACAATTCGCTTATCTGTTTCCTGCCAGTACAGATAATCGTCCCATGATTCCTCAGACCAGATTAGTTTCACTCAATGATGTCCTTTTCCGTTCCTTTGCCTGATTTCAGGCTATCGATTGAGTCCATCAATCTCCg > 1:2186370/6‑289 (MQ=255) tgaaTCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCTGACAAATTATGTTTCAGGGGTTCTGGCTTCCCCTTACCTTCAAATGGCGTTCTGCGGGTATCTTTGATAAGTTCATTGATCTTTTTAACAATTCGCTTATCTGTTTCCTGCCAGTACAGATAATCGTCCCATGATTCCTCAGACCAGATTAGTTTCACTCAATGATGTCCTTTTCCGTTCCTTTGCCTTATTTCAGGCTATCGATTGAGTCCATCAATCTCCgg > 1:1993611/4‑288 (MQ=255) tgaaTCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCTGACAAATTATGTTTCAGGGGTTCTGGCTTCCCCTTACCTTCAAATGGCGTTCTGCGGGTATCTTTGATAAGTTCATTGATCTTTTTAACAATTCGCTTATCTGTTTCCTGCCAGTACAGATAATCGTCCCATGATTCCTCAGACCAGATTAGTTTCACTCAATGATGTCCTTTTCCGTTCCTTTGCCTGATTTCAGGCTATCGATTGAGTCCATCAAt < 1:3160183/279‑1 (MQ=255) tgaaTCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCTGACAAATTATGTTTCAGGGGTTCTGGCTTCCCCTTACCTTCAAATGGCGTTCTGCGGGTATCTTTGATAAGTTCATTGATCTTTTTAACAATTCGCTTATCTGTTTCCTGCCAGTACAGATAATCGTCCCATGATTCCTCAGACCAGATTAGTTTCACTCAATGATGTCCTTTTCCGTTCCTTTGCCTGATTTCAGGCTATCGATTGAGTCCATCAAt > 2:3160183/4‑282 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |