Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,714,750 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,714,750 | 0 | A | T | 99.1% | 542.4 / NA | 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,714,751 | 0 | G | C | 100.0% | 540.9 / NA | 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (115/116); total (115/116) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,714,752 | 0 | T | A | 99.1% | 549.6 / NA | 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (114/115); minor base C (1/1); total (115/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
CCCTGCGGGAATACAGCGCGAAGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTAGTGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCAGTACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTAAAAAAGTGGTGCTGTGCAGTCCGCCGCCGATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCG > CP042583/1714481‑1715023 ||| cccTGCGGGAATACAGCGCGAAGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGGCGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGCCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCCCCGCCCCGCCCTTCCCAACGGTATTAATGCTgg > 2:2803937/1‑288 (MQ=255) cTGCGGGAATACAGCGCGAAGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCg > 1:2427710/1‑288 (MQ=255) cAGCGCGAAGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTCGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCTGTTGGGTTGTATATTCTTGGCGGCTCCTCCCCGCCCTTCTCAACGGTATTAATGCTGCCGACTCCCGcca > 2:2107536/1‑285 (MQ=255) gcgcGAAGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTAt > 1:1543571/1‑289 (MQ=255) cgcgAAGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTAtt > 1:1188021/1‑289 (MQ=255) cgAAGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGc > 2:1614040/1‑289 (MQ=255) aggtggacaacaccaccGTTAACGGGCGAAAGGGGTGTGCAGGGGAGCACCCCGCGGCAAGCGACAGCCGGAGCGACGAGCTAAAAAAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCggg < 2:1878471/278‑1 (MQ=255) aGTTTGATAAAACCACGGTTACCGGACTGGAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCggg < 2:1708373/289‑1 (MQ=255) aGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCggg < 1:916032/289‑1 (MQ=255) aGTTTGAGAAGACGACGGTTACCGCGACGGAAGAGGCGGCAGAGGGGATCGCCGCCGCACGCGGACGGCTGAGCGAAGAGCTAAACCAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAAAGCGGCCGGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCggg < 2:2167747/289‑1 (MQ=255) tAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTaa < 1:248707/288‑1 (MQ=255) aaaaCCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTaaaa < 1:54107/289‑1 (MQ=255) aaCCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTaaaaaa > 2:1231489/1‑289 (MQ=255) 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cgacgaGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTAAAAAAGTGGTGCTGTGCTCACCGCCGCCGATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCgg < 1:1295204/288‑1 (MQ=255) cgaGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATCGAAACCTTCCATACTGCGCAAACACTGCCCCCGGTAGATCTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGCCCGGTAGCTTCCGTTGGGTGGCATATTCCTGTCGGCTCCACACCCCCCATCTCAACGGTGTTAATGCTGGCGACTCCGGCAGGTATTCCGGGCTGTCAAATAGTGGTGCTGTACTCACCGTCGCTGATCCCCGACGAGCGCCTCTATGCTCCGCAGCTGTGCGgtgt > 2:456250/1‑288 (MQ=255) aGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGc > 2:1296959/1‑212 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |