| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,715,041 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,715,041 | 0 | A | T | 98.5% | 771.5 / NA | 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (158/166); minor base G (4/1); total (165/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,715,042 | 0 | G | C | 99.4% | 789.2 / ‑3.5 | 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (164/166); minor base T (1/1); total (165/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,715,043 | 0 | C | G | 99.4% | 773.5 / NA | 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (164/167); total (165/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
TGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTAAAAAAGTGGTGCTGTGCAGTCCGCCGCCGATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGGCCCGAGCGAAGTGCTGGTGATTGCTGACAGCGGCGCTACGCCGGATTTCGTGGCTTCTGATTTGCTCTCTCAGGCTGAACACGGCCCGGACAGTCAGGTGATTTTACTGACGCCCGCTGCTGATATGGCGCGTCGCGTTGCCGAGGCCGTCGAACGCCAACTGGCAGAACTGCCGCGTGCCGAAACCGCCCGCCAGGCACTGAACGCCAGCCGCCTGATCGTGACTAAAGATTTAGCGCAGTGCGTGGAGATCTCCAACCAGTACGGCCCGGAGCACCTGATCATT > CP042583/1714763‑1715322 ||| tGCTGGCGACTCCGGCGAGTAGTGCGGGCTGTAAAAAAGTGGTGCTGTGCTCACCGCCGCCGATTGCCGATGGGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGGCCCGTCGGAAGTGCt < 1:7164/289‑1 (MQ=255) 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cTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGGCCCGTCGGAAGTGCTGGTGATTGCTGACAGCGGCGCTACGCCGGATTTCGTGGCTTCTGATTTGCTCTCTCAGGCTGAACACGGCCCGGAc > 1:422760/1‑288 (MQ=255) tATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGGCCCGTCGGAAGTGCTGGTGATTGCTGACAGCGGCGCTACGCCGGATTTCGTGGCTTCTGATTTGCTCTCTCAGGCTGAACACGGCCCGGActca > 2:1544931/1‑285 (MQ=255) aTGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCG‑‑GGCGAACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGAGGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGGCCCGTCGGAAGTGCTGGTGATTGCTGACAGCGGCGCTACGCCGGATTTCGTGGCTTCTGATTTGCTCTCTCAGGCTGAACACGGCCCGGActcacagg < 1:2918913/289‑8 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |