| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 508,596 | 9 bp→TGATGATGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 508,596 | 0 | A | T | 99.1% | 797.4 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base T (169/162); total (171/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,597 | 0 | C | G | 99.1% | 795.7 / ‑3.5 | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (169/162); minor base T (2/1); total (171/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,598 | 0 | T | A | 99.1% | 796.4 / ‑3.3 | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (168/162); minor base G (2/1); total (171/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,599 | 0 | A | T | 99.1% | 791.3 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base T (169/162); total (171/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,600 | 0 | C | G | 99.1% | 793.2 / ‑4.8 | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (170/161); minor base T (1/2); total (171/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,601 | 0 | T | A | 99.4% | 795.0 / ‑5.7 | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (170/161); minor base G (1/1); total (171/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,602 | 0 | A | T | 99.1% | 796.2 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base T (169/162); total (171/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,603 | 0 | C | G | 99.4% | 797.9 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (169/163); minor base T (2/0); total (171/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,604 | 0 | T | A | 99.7% | 793.9 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (169/162); total (171/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
GGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCGCTCATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAAACTACTACTGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAAT‑GGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCT > CP042583/508335‑508863 ||||||||| ggAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATgg > 1:2468848/1‑289 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ccTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAAT‑GGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCt > 2:1945373/1‑288 (MQ=255) ||||||||| GGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCGCTCATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAAACTACTACTGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAAT‑GGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCT > CP042583/508335‑508863 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |