Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,722,499 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (148/168); total (149/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,722,501 | 0 | T | A | 99.7% | 767.2 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (148/169); minor base C (1/0); total (149/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
AGTACGCCACGCGCATCGCCAGGTAGGTGTTTGCAAAAAGTTTAATCGCTTCTGCTTCAGTGGAGTCGGTAAACAGCATCGGGATATTTTGCTTAATCGCGCCTTCCTGTAACAGAGCAGCGAAACGTTCTGCGCGTTCACTACGCTCACCGATGACAATACGACTAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATATTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTACTTTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACACTTTCTACACTGGATGTATTGAAATAATTAGTTTTAGGATCATAGTCGGTTGGAGTGGCGATGATGACATAATCAGCATCCCGGTAGGCTTCATTTTTATCTAATGTGGCATTAAAGTGTATTTTATCACTTTGCAAAAACTGCTGAATTTCCTTATCAACAATAGGAGATATCCGATCATTCAGCATAGCAACGCGACTCGGTAAAATATCTAATGCC > CP042583/1722219‑1722772 ||| aGTACGCCACGCGCATCGCCAGGTAGGTGTTTGCAAAAAGTTTAATCGCTTCTGCTTCAGTGGAGTCGGTAAACAGCATCGGGATATTTTGCTTAATCGCGCCTTCCTGTAACAGAGCAGCGAAACGTTCTGCGCGTTCTGAACGCTCACCGATGACAATACGTGAAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATATTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGttgatttgat < 2:1403765/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |