| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 1,722,682 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,722,683 | 0 | C | G | 99.4% | 741.2 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (143/164); minor base T (1/1); total (144/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,722,684 | 0 | T | A | 100.0% | 745.8 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (144/165); total (144/165) | |||||||||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
AGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATATTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTACTTTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACACTTTCTACACTGGATGTATTGAAATAATTAGTTTTAGGATCATAGTCGGTTGGAGTGGCGATGATGACATAATCAGCATCCCGGTAGGCTTCATTTTTATCTAATGTGGCATTAAAGTGTATTTTATCACTTTGCAAAAACTGCTGAATTTCCTTATCAACAATAGGAGATATCCGATCATTCAGCATAGCAACGCGACTCGGTAAAATATCTAATGCCACAACCTCATGATTTTGTGCGATTAGAAGCCCGTTACTCAAGCCTACATAGCCAGTACCGGAAATGGTGATTTTCATTTCATGCTCTCAGAATTAACTTAACTGTGAATCATGATGTTTTTAGCATCCTGATAAGAGCTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATT > CP042583/1722404‑1722961 ||| aGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATATTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTTGATTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACTGATTCTACACTGGATGTATTGAAATAATTAGTTTTAGGATCATAGTCGGTTGGAGTGGCGATGATGACATAATCAGCATCCCGGTAGGCTTCATTTTTATCTAATGTGGCATTAAAGTGTATTTTATCTGATTGCaaaa < 2:2369380/289‑1 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AGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATATTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTACTTTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACACTTTCTACACTGGATGTATTGAAATAATTAGTTTTAGGATCATAGTCGGTTGGAGTGGCGATGATGACATAATCAGCATCCCGGTAGGCTTCATTTTTATCTAATGTGGCATTAAAGTGTATTTTATCACTTTGCAAAAACTGCTGAATTTCCTTATCAACAATAGGAGATATCCGATCATTCAGCATAGCAACGCGACTCGGTAAAATATCTAATGCCACAACCTCATGATTTTGTGCGATTAGAAGCCCGTTACTCAAGCCTACATAGCCAGTACCGGAAATGGTGATTTTCATTTCATGCTCTCAGAATTAACTTAACTGTGAATCATGATGTTTTTAGCATCCTGATAAGAGCTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATT > CP042583/1722404‑1722961 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |