| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,725,006 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,725,006 | 0 | A | T | 99.5% | 944.6 / ‑1.8 | 393 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,725,007 | 0 | G | C | 99.5% | 946.0 / ‑2.8 | 393 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (194/197); minor base T (1/1); total (195/198) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.26e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,725,008 | 0 | T | A | 99.5% | 938.8 / NA | 393 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (193/198); minor base C (2/0); total (195/198) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 393 total aligned reads displayed.
AATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTTATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTCCTCGGCATTGATAACCTGGTCTTTATTGCCATCCTCGCCGAAAAACTACCGCCGAAGCAGCGTGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGAGTATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCAGCTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCAGTCTCGACAGTGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTA > CP042583/1724728‑1725278 ||| aaTAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTTATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTCCTCGGCATTGATAACCTGGTCTTTATTGCCATCCTCGCCGAAAAACTACCGCCGAAGCAGCGTGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGTCAATCTCctg < 2:832886/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |