| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,725,477 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,725,477 | 0 | A | T | 99.4% | 735.2 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,725,478 | 0 | G | C | 99.4% | 732.5 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (150/158); minor base T (0/2); total (150/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,725,479 | 0 | C | G | 99.7% | 739.3 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (150/158); total (150/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
GGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCAGTCTCGACAGTGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTGGTTATCGCTATCAGCCTGATGTTGATGGCCAGCAAGCCGTTAACGCAATTTGTTAACAGTCACCCGACGATCGTTATTCTCTGCTTAAGCTTCCTGTTGATGATTGGCTTTAGCCTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGTTTCAGCGTGATGATCGAGGCGCTCAATCAGTTGGCTATCTTTAACCGGCGACGTTTTCTTTCCGCTAACCAGACGCTGCGCCAGCGGACTACCGAAGCGGTAATGCGCCTGCTTAGCGGGCAAAAAGAAGATGCGGAACTGGACGCCGAAACCGCGTCCATGCTGGTGGATCATGGTAACCAGCAGATCTTTAATCCGCAGGAACGGCGGATGATTGAGCGGGTACTTAATCTTAACCAGCGTACCGTCAGCAGCATTATGACGAGCCGCCACGATATTGAGC > CP042583/1725200‑1725756 ||| ggtgACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTGGTTATCGCTATCAGCCTGATGTTGATGGCCAGCAAGCCGTTAACGCAATTTGTTAACAGTCACCCGACGATCGTTATTCTCTGCTTAAGCTTCCTGTTGATGATTGGCTTTAGCCTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGTTTCTCGGTGATGATc > 1:2115933/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |