Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,726,035 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,726,035 | 0 | A | T | 99.5% | 864.7 / NA | 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (184/182); minor base C (0/2); total (184/185) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,726,036 | 0 | G | C | 98.9% | 847.9 / NA | 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base C (180/183); total (184/185) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,726,037 | 0 | C | G | 99.5% | 872.5 / NA | 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (183/184); minor base T (1/1); total (184/185) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 369 total aligned reads displayed.
CATATCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTT‑CCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCAGCGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTGAATATCACACCATTGCCGGGCTGTTGATGGAGTATTTGCAGCGTATTCCAAAACCTGGCGAAGAAGTTCAGGTGGGGGATTATTTGCTTAAA > CP042583/1725756‑1726316 ||| cATATTGATTCCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTT‑CCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGaa < 2:1526578/288‑1 (MQ=255) atCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTT‑CCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGa > 2:691467/1‑289 (MQ=255) atCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTT‑CCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGa > 1:848753/1‑289 (MQ=255) atCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTT‑CCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGa < 1:2931012/289‑1 (MQ=255) cGATCTCAACGCGACGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGGGGCTGGTGGTTACCGCCGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGCTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCCAACCGCCCAACCTACGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCCGGTGTT‑CCCGGAAACCTCGCCGTTGTTACCTTCCCTGGCGCAGTTCCCTAATGCCCGCACGACCTTTGCTTTTGTGTCGGTTGGGCTTGGCTGGGTGGACGGGAtg > 2:2170975/1‑288 (MQ=255) gcCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTT‑CCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCCGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTTGCTCGGCGGAAGGGATTGTGAGTTTAAGt > 2:2112441/1‑289 (MQ=255) gCGAAATCAGCATACG‑GGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTT‑CCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTa < 2:2819153/288‑1 (MQ=255) gCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTT‑CCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAagag > 1:1098573/1‑289 (MQ=255) ttACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTT‑CCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGAGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGAcg < 1:2315168/288‑1 (MQ=255) tACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTT‑CCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGAcgcc < 1:2449362/289‑1 (MQ=255) 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tGCTTGGTGTTGTTCCCGTTATCGACCTGCTACCACAGTCTATGCGCGGCGACCCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCGGCCGCTGGTGTT‑CCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCAGAAGAATGCGGa < 2:2464533/289‑1 (MQ=255) tGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTT‑CCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCAGAAGAATGCgg > 2:918509/1‑288 (MQ=255) cTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTT‑CCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAgg > 2:2334734/1‑188 (MQ=255) 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gTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTT‑CCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGACATGATATCCCGAAGAATGCGGACGGGTCCTGGACGGCGa > 2:146202/1‑289 (MQ=255) tATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTT‑CCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGAc > 1:1048903/1‑180 (MQ=255) cGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTT‑CCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCAGAAGAATGCGGa < 1:1343399/267‑1 (MQ=255) cTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTT‑CCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCata < 2:518175/289‑1 (MQ=255) tGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTT‑CCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGaa < 1:705000/161‑1 (MQ=255) tGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTT‑CCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCa < 2:826664/195‑1 (MQ=255) tctcTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTT‑CCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCAGAAGAATGCGGAc < 2:795694/252‑1 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |