| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,726,980 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,726,980 | 0 | G | C | 99.4% | 812.1 / NA | 342 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (184/156); total (184/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,726,981 | 0 | C | G | 99.7% | 802.2 / NA | 342 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (183/157); total (184/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,726,982 | 0 | T | A | 99.7% | 808.6 / NA | 342 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (183/157); total (184/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
TTGCCATTACGGGAATCTTTATTCCGCTCGGCCCAGTCATTCAGGCGACGTTTCGCTTCGTCCTGTAGATGTTTGCGCAGTAACTGATCCACTTGCAGGCTGTAATTGAGTTGCTGCCAGTTGCCATAAACCCGCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGGCTTTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTCAGCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGACTCATTTTTCCGGTCA > CP042583/1726705‑1727257 ||| cTCGGCCCAGTCATTCAGGCGACGTTTCGCTTCGTCCTGTAGATGTTTGCGCAGTAACTGATCCACTTGCAGGCTGTAATTGAGTTGCTGCCAGTTGCCATAAACCCGCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGATTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATc > 2:857943/1‑288 (MQ=255) ttCAGGCGACGTTTCGCTTCGTCCTGTAGATGTTTGCGCAGTAACTGATCCACTTGCAGGCTGTAATTGAGTTGCTGCCAGTTGCCATAAACCCGCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGCTTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGATTGAACTTGCATGGCGTTTCACGTCTCTACGCCAttcgcacccttcaag > 2:1385988/1‑274 (MQ=255) cAGGCGACGTTTCGCTTCGTCCTGTAGATGTTTGCGCAGTAACTGATCCACTTGCAGGCTGTAATTGAGTTGCTGCCAGTTGCCATAAACCCGCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGATTGACCTTGCATGTCGTTTCACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCg > 2:1686768/1‑289 (MQ=255) cGTTTCGCTTCGTCCTGTAGATGTTTGCGCAGTAACTGATCCACTTGCAGGCTGTAATTGAGTTGCTGCCAGTTGCCATAAACCCGCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGATTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCACCGTCAAAt > 2:2809596/1‑280 (MQ=255) cGTTTCGCTTCGTCCTGTAGATGTTTGCGCAGTAACTGATCCACTTGCAGGCTGTAATTGAGTTGCTGCCAGTTGCCATAAACCCGCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGATTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTaa > 2:2477182/1‑289 (MQ=255) cGTCCTGTAGATGTTTGCGCAGTAACTGATCCACTTGCAGGCTGTAATTGAGTTGCTGCCAGTTGCCATAAACCCGCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGATTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAAt > 1:703815/1‑270 (MQ=255) cGTCCTGTAGATGTTTGCGCAGTAACTGATCCACTTGCAGGCTGTAATTGAGTTGCTGCCAGTTGCCATAAACCCGCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGATTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCaa > 2:1119671/1‑288 (MQ=255) atccctttggtggTTTGCGCAGTAACTGATCCACTTGCAGGCTGTAATTGAGTTGCTGCCAGTTGCCATAAACCCGCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGATTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAg < 2:645410/277‑1 (MQ=255) gTTTGCGCAGTAACTGATCCACTTGCAGGCTGTAATTGAGTTGCTGCCAGTTGCCATAAATCCGCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGATTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGtt > 1:1282993/1‑289 (MQ=255) gTTTGCGCAGTAACTGATCCACTTGCAGGCTGTAATTGAGTTGCTGCCAGTTGCCATAAACCCGCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGATTGACCTTGTATGTCGTTTAAAGTCACGACGCCATGCTTCCACGTCAAATCGGTGGTCAAGCTGTCAAGCCGCGTCACGtt > 2:1022676/1‑289 (MQ=255) 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aCTTGCAGGCTGTAATTGAGTTGCTGCCAGTTGCCATAAACCCGCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGATTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCACGACGCCATCCTTCAACGTCAAATCGGTGGTAAAGCGGTCAAGCCGCGTCACGTTATCAAAGTTTTCAGCGGc > 2:741241/1‑287 (MQ=255) cTTGCAGGCTGTAATTGAGTTGCTGCCAGTTGCCATAAACCCGCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGATTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCa > 2:3087358/1‑213 (MQ=255) cTTGCAGGCTGTAATTGAGTTGCTGCCAGTTGCCATAAACCCGCAGCGGTACTGGCGTTTCTTTCAGGAAATCAATCAGTTTGCTTTCCCCGTTCCAGCCACCCACGACCCGAATATCAAACTGGGTGTCGCAGGTTTGATCTGCCAGATTCAACATGCCTTCCCCTGTCAGCGCCAGCACAGGCGATTGACCTTGCATGTCGTTTAACGTCa < 1:3087358/213‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |