Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,730,802 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,730,802 | 0 | A | T | 99.4% | 835.4 / NA | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (176/171); minor base C (2/0); total (178/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,730,803 | 0 | G | C | 99.4% | 822.0 / NA | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (177/171); total (178/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,730,804 | 0 | C | G | 99.7% | 827.0 / NA | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (176/172); minor base T (1/0); total (178/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
ACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGAGTGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑AGCCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGG‑CTTAGCATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTTTCATTATTGTGCTGTTGA‑TGTGGAGCGCCGTGCGTCTGCCACGAATGGAAGCCTTTTTGATCTTCCTTACCACGGTGATGATGGTGAGCCTGATGATGGCCGCGGATCCCTCCCTGCTTGCTACGCCGCGTACGTACCTGATGAGCCATATGCCGTGGCTACCGTTTTTGCTGATCCTGCTGCCCGCCAACATCATGACCATGGTGATGTATGCCTTTCGTGCGGAACGCAAACACATTTCCG > CP042583/1730527‑1731075 ||| cTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCTGCCg < 1:1274170/289‑1 (MQ=255) ttGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCTGCCGt > 2:1800872/1‑289 (MQ=255) ttGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCCCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCCGGGCATTTTTGATATGGGTCCTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACCCTATCTGCTGCGCCCTCGCAACCCACGGTTGCTTTTAGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCACCACACTGACGTCAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCCGc > 2:687449/1‑286 (MQ=255) tGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCTGCCGTg > 1:2720783/1‑289 (MQ=255) tGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCTGCCGTg > 2:2185433/1‑289 (MQ=255) tGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCTGCCGTg > 1:1950442/1‑289 (MQ=255) aTCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCttt > 1:2917933/1‑289 (MQ=255) tGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTAc < 2:487849/289‑1 (MQ=255) gCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATAGTTCCGCCGTTGTTTGGGGGTGCTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGCGACCATCCTCTCAGGGCATTCGTGATATGGGTACTATCAGACTCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTTCAAGTTAACCCACACTATCCGCCGCGCCATCACCACCCACGGATGCTTTTTGAG‑TCGCTGCGCCCGTTAGACATCACACTGAAGTGAAGCTGGACTTCG‑ATGCCGCACCGGCCGTGGCCTTTTACtt > 2:2397567/1‑289 (MQ=255) aCTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACCCTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAT‑TCGCTGCTCAGCTTAGCCATCACCCTTCCGTTAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTCTTTGCCGTCGCCTTTTACTTTCat > 2:2367023/1‑289 (MQ=255) cTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTTTCATTATTGTGCTg < 1:253008/288‑1 (MQ=255) cTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTTTCATTATTGTGCTg < 2:808116/288‑1 (MQ=255) cTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTTTCATTATTGTGCTg < 1:180953/288‑1 (MQ=255) ggCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTTTCATTATTGTGCTGTTg < 1:174804/289‑1 (MQ=255) gCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTTTCATTATTGTGCTGTTGa > 1:539451/1‑289 (MQ=255) cattCGGTAGCGCCATTGTTCTGCCTTTGTTGGGGGG‑GTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGTTATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTGTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTTTCATTATTGTGCTGTTGA‑t < 2:1893010/285‑1 (MQ=255) ggCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCGATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCTCACTATCTGCTGCGCCATCGCCACCCCCGGTTGCTTTTTTAG‑TCGCTGCACACGTTAGCACGCAACTTGACTGTAAGCTGG‑CTTTCGTTGCTGTATCAGTCGTGTGTTCTTACTTTCATATTTGTG‑TGTTGAGTGTggg > 2:3111112/1‑288 (MQ=255) gcCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTTTCATTATTGTGCTGTTGA‑TGTGGAGCGCCg < 1:2752483/289‑1 (MQ=255) cATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTTACGTTAGCCATCACACTGCCGTTACGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTCTCATTTTTTTACTTTTGT‑tgtgtgggggcgt > 2:1205040/1‑279 (MQ=255) cATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTTTCATTATTGTGCTGTTg < 1:494808/274‑1 (MQ=255) ttCCGCCTTTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTTTCATTATTGTGCTGTTGA‑TGTGGAGCGCCGTGCGTCt < 1:1839658/289‑1 (MQ=255) tGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTTTCATTATTGTGCTGTTGA‑TGTGGAGCGCCGTGCGTCTGCCACGAATgg < 2:1950442/288‑1 (MQ=255) ggggTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTTTCATTATTGTGCTGTTGA‑TGTGGAGCGCCGTGCGTCTGCCACGAATGGAAg < 1:1417006/288‑1 (MQ=255) gtgtTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTAc < 2:110543/232‑1 (MQ=255) tgtTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGG‑CTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTTTCATTATTGTGCTGTTGA‑TGTGGAGCGCCGTGCGTCTGCCACGAATGGAAGCCttt > 2:3093829/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |