| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 510,511 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 510,512 | 0 | C | G | 99.7% | 825.4 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (184/159); minor base A (0/1); total (184/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 510,513 | 0 | T | A | 100.0% | 833.0 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (184/160); total (184/160) | |||||||||||
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
CGCGCTGTGAATAAATAGATGAAAGTTATAGTAGCTGTCTGTAGTTATATATCAAAAACTCTCATTTAGACGGTCAATAAATCGGGAGAACACCAAATTATTTAAAGAAGATTTATTATAGGAAATGTAAAGCTTTATACTAGGTAACGGATGTTCTAGTTTTATCTCTTTTAAGTTAAGAAAGTCACGGTAGGAATTATAAAGTTCATAGGGGACTATTCCCAGTAAATCTGTAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAAACTGATTTTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCACTTTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATGCCTATTACTACAAATTAGAGTATTGCGAATCGTATGCAATGGCATGCAAATGACGGAACGGCTGATCACTGGCATTTGGGTGATCACCAGATCGGCTTTGCGGTGAACCAACAGTTCTTCAGCATTCTCTGCACTCATGAGGATA > CP042583/510232‑510790 ||| tgAATAAATAGATGAAAGTTATAGTAGCTGTCTGTAGTTATATATCAAAAACTCTCATTTAGACGGTCAATAAATCGGGAGAACACCAAATTATTTAAAGAAGATTTATTATAGGAAATGTAAAGCTTTATTGAAGGTAACGGATGTTCTAGTTTTATCTCTTTTAAGTTAAGAAAGTCACGGTAGGAATTATAAAGTTCATAGGGGACTATTCCCAGTAAATCTGTAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGATTCa > 1:33569/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |