Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,732,647 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,732,647 | 0 | A | T | 98.9% | 900.8 / NA | 378 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (190/183); minor base G (3/1); total (194/184) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,732,648 | 0 | G | C | 99.7% | 895.5 / NA | 378 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (193/184); minor base T (1/0); total (194/184) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,732,649 | 0 | C | G | 100.0% | 907.2 / NA | 378 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (194/184); total (194/184) |
Only 100 of 379 total aligned reads displayed.
CGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGAGCTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGCGCGCGTTTTATCGCTACACGCATTATCAGTGCCGTGAATGACTATCACTTTATATGGGAAGGCCGTGT‑‑GCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGAGCCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGAGCCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCGC‑TAGCCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTAGTCTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCG > CP042583/1732370‑1732931 ||| gcCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGCGCGCGTTTTATCGCTACACGCATTATCAGTGCCGTGAATGACTATCACTTTATATGGGAAGGCCGTGT‑‑GCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGat < 2:2088880/288‑1 (MQ=255) ggtaTGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGCGCGCGTTTTATCGCTACACGCATTATCAGTGCCGTGAATGACTATCACTTTATATGGGAAGGCCGTGT‑‑GCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGatat > 1:433217/4‑286 (MQ=255) ggcggGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGCGCGCGTTTTATCGCTACACGCATTATCAGTGCCGTGAATGACTATCACTTTATATGGGAAGGCCGTGT‑‑GCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTAt < 1:1552915/289‑1 (MQ=255) ggTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGCGCGCGTTTTATCGCTACACGCATTATCAGTGCCGTGAATGACTATCACTTTATATGGGAAGGCCGTGT‑‑GCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGcc < 1:2673710/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |