Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,732,818 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,732,818 | 0 | A | T | 99.4% | 735.3 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (153/155); minor base C (2/0); total (155/155) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,732,819 | 0 | G | C | 98.4% | 722.3 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/3); new base C (153/152); total (155/155) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,732,820 | 0 | C | G | 99.0% | 718.4 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base G (153/152); total (155/155) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
TGCCGTGAATGACTATCACTTTATATGGGAAGGCCGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGAGCCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGAGCCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTAGCCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTAGTCTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCGCTTAGCCATGCTCTTGACCGCCGGGTATTCCACGAATTTTTCCAGCAGGCCGCAAAAGCGGTTGCCAGTAAAGGCATAAGCATCTCCCTCCCCCTTTCCGTTGCCGGTTTGAGTAGCGCCACGCTGGTGAATGATCTGCTTGAGCAGCTGGAAAATAGCCCTCTACCACC > CP042583/1732538‑1733101 ||| ccGTGAATGACTATCATTTTATATGGGAAGGCCGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGa > 1:1740962/1‑288 (MQ=255) ccGTGAATGACTATCACTTTATATGGGAAGGCCGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGAGGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGa > 1:71035/1‑288 (MQ=255) tGAATGACTATCACTTTATATGGGAAGGCCGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATccc > 1:1239745/1‑289 (MQ=255) tCACTTTATATGGGAAGGCCGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGt > 1:1456309/1‑289 (MQ=255) atGGGAAGGCCGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTgg < 2:1626380/289‑1 (MQ=255) aaGGCCGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGAt > 1:1125213/1‑289 (MQ=255) aaGGCCGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGAt > 2:1771826/1‑289 (MQ=255) ggCCGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGAtt > 1:2141821/1‑288 (MQ=255) cGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGaa > 1:230574/1‑264 (MQ=255) gtgCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGAtttcactta < 1:2999345/289‑8 (MQ=255) aTCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATT‑CCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGctc < 2:897026/289‑1 (MQ=255) cacttcccctGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGc > 2:2631541/10‑287 (MQ=255) gTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGACGTCGCTTGATGAACAGGGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGGTGATGCTCGCCCACGGGGGCGACTCG‑CCACCGATCCCGGCAGCGCGTAATTTGTGGCTGGTTTCCCTTAAGCCCTGGGGtt > 2:1676345/1‑288 (MQ=255) tGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAAGCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCCGATTTCACTTAAGCTCTGGGTTTGc > 2:1330146/1‑289 (MQ=255) ccAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGAACACAATCAGCAGGCGGCAGAAGGGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCg < 2:71035/288‑1 (MQ=255) gCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCt < 1:32270/257‑1 (MQ=255) gCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGAACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGc < 2:2808356/288‑1 (MQ=255) aCCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGAtttcactt < 1:1177181/258‑7 (MQ=255) gattgatGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATtgatga > 1:1872418/1‑288 (MQ=255) attgatGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCGTGGTGAACAGTGGCGGATTATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CGTCGCCACGGATCCCGGATGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGGGATTATTGATGaa > 1:1194789/1‑289 (MQ=255) tcatcaGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTcgtcgt > 1:1514979/1‑289 (MQ=255) ggcAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAg < 2:370927/288‑1 (MQ=255) 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tgtcgcAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCACTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCGCt < 1:2811993/284‑1 (MQ=255) gtcgcAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTcgtcgt < 2:1188978/264‑1 (MQ=255) aGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCGCTTAGcc < 1:871676/288‑1 (MQ=255) atatCGCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCGCTTAGCCATGccct > 2:1546181/1‑289 (MQ=255) gCCTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCGCTTAGCCATGCTCTTGAcc < 1:1338728/289‑1 (MQ=255) ccTGTTATGCCTCC‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAATAGAATCCGGTGATGATTCCCGCCCCCGGTGTCC‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAACGCGTAATTTGTCGCTGATTTCACTTCACCTCCGGAGTTGCCAAGCCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGGCGTATCTTCACCGATCCGGCGCTTCGCCATGatctgtacc > 2:2649505/1‑283 (MQ=255) 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c‑AAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCGGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCGCTTAGCCATGCTCTTGACCGCCGGGTATTCCAc > 1:637970/1‑289 (MQ=255) tggCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCGCTTAGCCATGCTCTTGACCGCCGGGTATTCCACGAAttttt > 1:2617519/1‑288 (MQ=255) gccggggccgggTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGATGATGATGCTCGCCCACGGTGTCG‑CTTCGCCACGGATCCCGCAAGCGCGTAATTAGTGGCTGATTTTACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGACTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCCTCAGCGATCCGCCGTTTAGTCATGGTCTTGACCGCCGGGTATTCCACGAATTTTTAca > 2:346774/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |