Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,735,288 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,735,288 | 0 | A | T | 99.4% | 774.6 / NA | 332 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (151/176); minor base G (1/1); total (153/179) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,735,289 | 0 | G | C | 99.1% | 778.2 / NA | 332 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (151/177); total (153/179) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,735,290 | 0 | C | G | 99.4% | 784.7 / NA | 332 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (151/179); total (153/179) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 332 total aligned reads displayed.
CGCAGGCACAGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTAGTTTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTAGCCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGGGTATGGGTGGCGAAACCGAAAAAGGCATCGCCCTGCCGATCCTGCC‑GTGGT‑GGAATGCGGTTGCCATCAACGACGTACCTGCGCAGAGTGATTTCTACAGTAGTGCCAACGGTCGTCTGCTTAACGATCTGGTACGCGATGCCCGCGAACCGGAAAAAGTGGCCCTGTTACAG > CP042583/1735010‑1735566 ||| cgcaggaCCAGCTGCCAGAGGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAGGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCg < 2:94920/288‑1 (MQ=255) aGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAATCCACCTTGCAGGAAGCAAAACGGGTGATGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTTCTGTTGGGGGCGGAGTGGCGTCCGCCTCTCGATCGTGAag > 2:1006890/1‑288 (MQ=255) aacGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctg < 1:1805785/284‑1 (MQ=255) aGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctgctg < 2:820914/289‑1 (MQ=255) aGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctg < 1:475536/286‑1 (MQ=255) aGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctg < 1:862008/286‑1 (MQ=255) aGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCAGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACTCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGTACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctgc < 1:1743466/287‑1 (MQ=255) aTTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGt > 1:1646161/1‑288 (MQ=255) ttGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTAt < 2:2639304/289‑1 (MQ=255) gtcgtcCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctgctg > 1:1349851/1‑266 (MQ=255) tcCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGt > 1:2743477/1‑289 (MQ=255) ccGATAAACTTCCGGGGGCGGGGCGGTGATGAAGCAAACCCCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGGAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCACGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTa < 2:381395/289‑1 (MQ=255) gATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAAc < 1:1096290/289‑1 (MQ=255) cAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGAt < 2:891033/289‑1 (MQ=255) aaCTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCCGCGGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGGGGGTACGAtt > 1:414675/1‑288 (MQ=255) tCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctg > 2:1325009/1‑248 (MQ=255) gggCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTg > 1:1003091/1‑289 (MQ=255) ggCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTgg > 1:1037842/1‑289 (MQ=255) gCGGTCAGGAAGCAAACACCCGGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGGGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTgg < 2:750117/288‑1 (MQ=255) gTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCCCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGCTCGGGATATCGCGCggggggt > 2:1223853/1‑285 (MQ=255) tgaAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTaaa < 1:1991552/289‑1 (MQ=255) aaGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACAAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTcaca < 2:1713301/237‑1 (MQ=255) aaCACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGa > 1:1703152/1‑289 (MQ=255) acCCAGGCGGAGGGGATTTTGGAACGGGCGGGGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTGCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATg < 2:1280943/288‑1 (MQ=255) ccAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCa < 1:233526/289‑1 (MQ=255) ccAGGCGCAAGGGATTCGGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCa < 2:2332362/289‑1 (MQ=255) tataagaggcagATTCTTGAACGCGCGGCGAGGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGTTATGCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTTGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCa < 1:920664/277‑1 (MQ=255) aGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGcc > 1:3115966/1‑286 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |