| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,743,624 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,743,624 | 0 | A | T | 99.5% | 1013.7 / NA | 433 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (194/235); minor base G (0/2); total (196/237) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,743,625 | 0 | G | C | 99.3% | 1010.3 / ‑4.8 | 433 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (194/235); minor base T (1/2); total (196/237) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,743,626 | 0 | T | A | 99.3% | 1027.6 / NA | 433 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (194/235); minor base C (2/1); total (196/237) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 433 total aligned reads displayed.
ATTTTAGTATCAATAACCTGACACTGATGGCGTTAACTATCGCCACCGGATTCGTGGTCGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCAGCCTGACCTTCAGTCTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCAGTGCGGTGGTGAGCCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGAGCTTGCGTAAACAGAACCGCTTCTCCCGTGCCAGCGAAAAAATGTTCGACAGGATAATCGCCGCCTATGGTCGTGGACTGGCGAAAGTGCTGAATCATCCGTGGCTGACCTTAAGCGTGGCACTCAGCACGCTGCTGCTTAGCGTGCTGCTGTGGGTGTTCATTCCGAAAGGTTTCTTCCCGGTACAGGACAATGGCATTATTCAGGGCACTTTGCA > CP042583/1743346‑1743901 ||| ttcaaTCAATAACCTGACACTGATGGCGTTAACTATCGCCACCGGATTCGTGGTCGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGgtggtgtcg < 1:2087293/285‑4 (MQ=255) caaTCAATAACCTTACCATGGTGGCGTTAACTATCGGCACCGGATTCGTGGTCGATGGCGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGCAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCTGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGgtggtgtcgct < 2:2401301/287‑6 (MQ=255) caaTCAATAACCTGACACTGATGGCGTTAACTATCGCCACCGGATTCGTGGTCGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGgtggtgtcgct < 2:1234645/287‑6 (MQ=255) caaTCAATAACCTGACACTGATGGCGTTAACTATCGCCACCGGATTCGTGGTCGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGgtggtgtcgct < 2:1851336/287‑6 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |