Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 511,087 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 511,087 | 0 | A | T | 100.0% | 558.0 / NA | 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 511,088 | 0 | C | G | 100.0% | 553.7 / NA | 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (112/119); total (112/119) | |||||||||||
* | CP042583 | 511,089 | 0 | T | A | 99.6% | 558.0 / NA | 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (112/118); minor base C (0/1); total (112/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
CGACAGAGGAATCTTGCCGTAGGCAGCGGATCAGCATACTATTATTAGAGCAAGAAATGAGCTGAGGGCCGTAGATAATAAAGTTTTTCTTTAGTTCGGACTTATTGACTATATTAATTGTTTGTTCAAGGCCTCTGAGATTTTTCTCAAGATGGTGATGCAGATTTAACCCTGTTGTCGTCGGCGCGATACCTTTTCCACTGCGAATGAATAAAGGGTCATTAAATTGCGCACGTAAGCGTTGTAAGCTCTGGCTCACGGCACTTGGGGTGATATATAGACTTTCAGCAGCTTTGCTAATGCTTAAATGCTGGTAAATACACTCAAATATGACAAGAAGATTTAAGTCGAACTTTTTCAAGTCGTAGAGATTGGCCATACACTACTCCGGTTATATTTTTCTTCCATGATATATTCACTTAATCAATGTTTTTTGCGTATATATTTTTATTGATTATGTTTTTTTGCTTAACTCAGGATTAAGTTTTTCTAAAATAGCACAGCCACTTAGGGCAGAGCGAGCAATTCATGCTTTTTTAGGATGGTTGAAAAGCAGGGATATAGTTC > CP042583/510807‑511373 ||| cGACAGAGGAATCTTGCCGTAGGCAGCGGATCAGCATACTATTATTAGAGCAAGAAATGAGCTGAGGGCCGTAGATAATAAAGTTTTTCTTTAGTTCGGACTTATTGACTATATTAATTGTTTGTTCAAGGCCTCTGAGATTTTTCTCAAGATGGTGATGCAGATTTAACCCTGTTGTCGTCGGCGCGATACCTTTTCCTGAGCGAATGAATAAAGGGTCATTAAATTGCGCACGTAAGCGTTGTAACGACTGGCTCACGGCTGATGGGGTGATATATAGTGATTcagc < 1:2812241/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |