| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,745,463 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,745,463 | 0 | A | T | 99.6% | 597.5 / ‑5.2 | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (117/132); minor base C (1/0); total (118/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,745,464 | 0 | G | C | 100.0% | 598.8 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (118/132); total (118/132) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,745,465 | 0 | T | A | 98.4% | 586.8 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (115/131); minor base C (3/1); total (118/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
CTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGAGCGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGCCAGCCTGCCCGGTGCGAGTCCAGAAACAATGGC‑GTCTTCCGTTGCCACGCCGCTGGAGCGCAGTCTTGGGCGCATTGCCGGAGTCAGTGAAATGACCTCCAGCAGTAGCCTCGGCAGCACGCGTATTATTTTGCAGTTTGATTTTGACCGGGATATCAACGGCGCAGCGCGTGATGTGCAGGCGGCGATCAACGCTGCACAAAGTTTGCTGCCCAGTGGGATGCCCAGCCGCCCGACCTATCGCAAAGCGAACCCGAGCGATGCGCCAATTATGATCCTCACGCTGACGTCCGATACT > CP042583/1745187‑1745744 ||| taccGCTGTTTGCCACGCCGTTGATTTATTTGTTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGCCTCGCTGCCCGGTGCGTCACCAGAAACAATGGC‑GTCTTCCGTTGCCa < 2:2673895/285‑1 (MQ=255) tGACGCTGTTTCCCACGCGGGTGATTTTTTTCCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGCCTCGCTGCCCGGTGCGTCACCAGAAACAATGGC‑GTCTTCCGTTGCCa < 2:2663529/288‑1 (MQ=255) tGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGCCTCGCTGCCCGGTGCGTCACCAGAAACAATGGC‑GTCTTCCGTTGCCa < 2:822726/288‑1 (MQ=255) tGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGCCTCGCTGCCCGGTGCGTCACCAGAAACAATGGC‑GTCTTCCGTTGCCa < 1:2948187/288‑1 (MQ=255) 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tttatttGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGCCTCGCTGCCCGGTGCGTCACCAGAAACAATGGC‑GTCTTCCGTTGCCACGCCGCTGGAGCGCTCACTTGGgcg < 2:1430667/289‑1 (MQ=255) tGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCAGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGCCTCGCTGCCCGGTGCGTCACCAGAAACAATGGC‑GTCTTCCGTTGCCACGCCGCTGGAGCGCTCACTTGGGCGCATTg > 1:2725334/1‑288 (MQ=255) tCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGCCTCGCTGCCCGGTGCGTCACCAGAAACAATGGC‑GTCTTCCGTTGCCACGCCGCTGGAGCGCTCACTTGGGCGCATTGCCGGAGt < 1:1455367/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |