Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,746,288 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,746,288 | 0 | A | T | 98.8% | 779.4 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (173/157); minor base C (2/2); total (175/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,746,289 | 0 | G | C | 98.8% | 779.6 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/4); new base C (175/157); total (175/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.17e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,746,290 | 0 | C | G | 99.7% | 795.7 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (175/161); minor base T (0/1); total (175/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
CGCCGCTGAATATCAGCCGTTGATTATTCACTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACAGTGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCAGCCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCAGCGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAG > CP042583/1746011‑1746567 ||| cgcTGAATATCAGCCGTTGATTATTCACTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGt < 1:1699839/288‑1 (MQ=255) tCAGCCGTTGATTATTCACTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACg < 1:1398573/289‑1 (MQ=255) tCAGCCGTTGATTATGCACTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACg < 1:2589086/289‑1 (MQ=255) tGATTATTCACTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCCCGCCTCGCTGGCAGAAGTCGAGCAAACGCttcata > 2:1553580/1‑283 (MQ=255) attattCACTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTaac > 1:2124239/1‑286 (MQ=255) ttCACTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATctcggt > 1:2231551/1‑284 (MQ=255) acaacaACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATctcggtggc > 1:2016257/1‑278 (MQ=255) acaacGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGt < 1:1008506/289‑1 (MQ=255) acGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGAt > 2:2027373/1‑289 (MQ=255) cggcggCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGAt > 2:1926471/1‑288 (MQ=255) gggaggtgGGGGCGGTGACCGACTCAGTGCAGGGTGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTcc < 2:1988894/283‑1 (MQ=255) tgtgGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTgcg > 1:775868/1‑288 (MQ=255) tgtgGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTgc > 1:2749902/1‑287 (MQ=255) tgtgGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGGCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTgcg > 1:2703662/1‑288 (MQ=255) gACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTgcgctcgggt < 1:2924456/289‑7 (MQ=255) gTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCCTGTGAGTCTGGTGGTGGTTTTATCCCTgccctcgggtcca > 2:1421310/1‑277 (MQ=255) 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accgactcagtgCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCgcgc < 1:480835/278‑1 (MQ=255) accgactcagtgCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCgcgc > 2:480835/10‑287 (MQ=255) accgactcagtgCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGcc > 2:349241/10‑288 (MQ=255) ctcagtgCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACtatt > 1:70666/5‑289 (MQ=255) gtgCGCAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGgcg < 2:2332124/225‑1 (MQ=255) gcgcAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGgcgc > 2:1651704/1‑224 (MQ=255) gcgcAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGGTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGtttcg > 1:163565/1‑286 (MQ=255) gcgcAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCa > 1:797801/1‑269 (MQ=255) gcgcAACGCCGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGtttcg > 1:1856175/1‑286 (MQ=255) 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ggATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGtttc > 2:607125/1‑287 (MQ=255) cgacacaCG‑ACAAACCGGCTATTATCCGGTTCATCCCAAACCTCCCGGAAGCCAATAGTACACAG‑TCGGTTGCCAGCACCCGGGCAAAATTACCGGATTTGAAGCAA‑CCCATTCCGCCGGCAATTGCTCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGtttcgc < 2:502096/282‑5 (MQ=255) aCCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATctcgg < 2:2393154/202‑5 (MQ=255) 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aaCCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGt > 1:646706/1‑169 (MQ=255) aaCCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGt < 2:646706/169‑1 (MQ=255) cgtttagtttACTGATGATCCGCAAACGGCCGGAAGGCAATATTATCCAG‑ACGGTTGACCGCATCCGGGCAAAATGACCGGGGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTgc < 2:966360/282‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |