Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,746,393 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,746,393 | 0 | A | T | 99.3% | 689.6 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (133/153); minor base G (1/1); total (134/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,746,394 | 0 | G | C | 99.7% | 676.4 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (133/152); total (134/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,746,395 | 0 | C | G | 99.7% | 681.7 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (133/153); total (134/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
CGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCAGCCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCAGCGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTG‑CCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGAGCATGAGTCTGAGTCTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCG > CP042583/1746116‑1746673 ||| cGGGATGACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTGTATTCCTTCGCTCGGGTCGCGCCCCTATTATTCCCGCCGTTTCGGTT‑CCGGtt > 2:2848697/1‑289 (MQ=255) gACCAACG‑CCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGtttcgctg < 2:775868/289‑7 (MQ=255) ccAACG‑CCAAACAGGCTATTTTGCTGATGATCCGCAACCTGCCGGCAGCCAATATTACCCAGACG‑GTTGACAGCCTCCGGGAAAAATTACCGGAGGTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGtttcgctgat < 2:2231551/289‑9 (MQ=255) cAACGCCCAACCCGGATATTGTACGGATGAACCGCAAACTGCCGGAAGCAAATATTCTCCAGACG‑ATGGACAGCATCCGGGAAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGGGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGGGCCGCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGtttcgctg < 2:2777245/287‑7 (MQ=255) ccGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTg < 1:2923350/289‑1 (MQ=255) cGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTgc < 1:778285/289‑1 (MQ=255) gCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCCCTGGTGTTCCTGGTGGGGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCCCCACTATTATTCCTGCCGTTTGGGGG‑CCGTTTTCGCTGACTGGT‑CGttttgggg > 2:267908/1‑284 (MQ=255) cTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTgcgg < 1:834629/288‑1 (MQ=255) tATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTgcggcg < 1:2096254/289‑1 (MQ=255) aCTGATGCTCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTAc < 1:2029671/289‑1 (MQ=255) gatCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGc > 1:315364/1‑289 (MQ=255) aaccggCCGGAAGCCATTATTATCCAGACT‑GTGGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAg < 2:1496073/284‑1 (MQ=255) aCTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGt < 1:1553580/289‑1 (MQ=255) ccGGAAGCCAATATTATCCAGACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGCTTCAGTCCCa > 1:1288446/1‑289 (MQ=255) ccGGAAGCCAATATTATCCAGACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGGT‑CCTGTTTCGCTGATTGGTACGTTGTCGGCGCAGTTCCTGTGCGGCTTCAGTCCCa > 2:2067530/1‑289 (MQ=255) cgacaGCCAATATTAT‑CACACGTGTTGAAGTCTTGCGGGTAAGTTTGCCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCTGCGAGGATGGGTCTGACGATTGCCCGGTAGCGCTCCCCACCCAACCACGCCTCGCTGGAAGAAGTCGGGCACAGGCTGTTTATGTGGGTGCGGCTGGTGATTCTGGTGTTGTTTTCATTCCTGTGGCTGTGTCGCGCCCCTATTATTCCCGCCGTTTAGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCaa < 2:390412/285‑1 (MQ=255) cGGAAGCCAATATTATCCAGACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGTTGATTGGTACGTTTGCGTCGATGTTCCTGTGCGGATTCAGtctaca > 2:485663/1‑286 (MQ=255) aGCCAATATTATCCAGACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAAc < 1:607125/289‑1 (MQ=255) ctcacgACG‑GTTGACACAATCCGGGGAAAATTCCCGGAGGTGCCGGACACCATTCCGGCGGCGATTGCCCTGACAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCAGTCGCGCCTCGCTGAAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCtttcgttaa < 2:3105278/284‑8 (MQ=255) 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aCG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAg < 1:1359588/263‑1 (MQ=255) aCG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCCGGTGACTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTGCGGTG‑CCGGTTTCGCTGAGTGGTACGTTTGCGGCGATGTACGTGTGCGGATTCAGTCCCAAATAACTTGCGTTAATGgcgt > 2:2037997/1‑288 (MQ=255) gACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGGTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGGGCTGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCCACAACCTTTCGTTAATgtctgttccgt > 2:1836943/1‑279 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |