Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,746,405 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,746,405 | 0 | A | T | 99.7% | 726.4 / NA | 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,746,406 | 0 | G | C | 99.7% | 717.7 / NA | 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (144/157); minor base T (1/0); total (145/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,746,407 | 0 | C | G | 100.0% | 718.3 / NA | 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (145/157); total (145/157) |
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
CGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCAGCCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCAGCGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGG‑TCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTG‑CCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGAGCATGAGTCTGAGTCTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTG > CP042583/1746128‑1746677 ||| aCCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGG‑TCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGttt > 1:2276704/1‑289 (MQ=255) ccGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTAGCCAG‑ACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGG‑TCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTg < 1:2825972/289‑1 (MQ=255) cgtttagtttACTGATGATCCGCAAACGGCCGGAAGGCAATATTATCCAG‑ACG‑GTTGACCGCATCCGGGCAAAATGACCGGGGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGG‑TCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTgc < 2:966360/282‑1 (MQ=255) atATTTTACGGATGAACCGCAAATTGCCGAAACCCAAAATTA‑CCAGAAGG‑GTTGACACAATCCTGGCAAAATTACCGAGGTTCCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCAATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTAGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGG‑TCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTgcgg < 2:2858213/287‑1 (MQ=255) tATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGG‑TCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTgcggcg < 1:2096254/289‑1 (MQ=255) tACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGG‑TCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGt > 1:1883481/1‑288 (MQ=255) gatCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGCTTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCG‑TGCGGTTCCGGCCACCCTTATGGCCGCCGTCTCTGTG‑CTCGTTTTGCTTATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACTtgctc > 2:2693391/1‑286 (MQ=255) atCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACT‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGG‑TCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCgg > 1:1496073/1‑289 (MQ=255) cgacaGCCAATATTAT‑CAC‑ACGTGTTGAAGTCTTGCGGGTAAGTTTGCCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCTGCGAGGATGGGTCTGACGATTGCCCGGTAGCGCTCCCCACCCAACCACGCCTCGCTGGAAGAAGTCGGGCACAGGCTGTTTATGTGGGTGCGGCTGGTGATTCTGGTGTTGTTTTCATTCCTGTGGCTGTG‑TCGCGCCCCTATTATTCCCGCCGTTTAGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCaa < 2:390412/285‑1 (MQ=255) cGGAAGCCAATATTATCCAG‑ACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGG‑TCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGTTGATTGGTACGTTTGCGTCGATGTTCCTGTGCGGATTCAGtctaca > 2:485663/1‑286 (MQ=255) 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ccAG‑ACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGG‑TCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCt < 1:1836943/279‑1 (MQ=255) ccAG‑ACG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAAGTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCCGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGG‑TCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATg < 1:2413316/289‑1 (MQ=255) aCG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGG‑TCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTgcggcg < 2:1123988/243‑1 (MQ=255) aCG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGG‑TCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAg < 1:1359588/263‑1 (MQ=255) aCG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGG‑TCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGgc > 1:2106241/1‑287 (MQ=255) aCG‑GTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCCGGTGACTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGG‑TCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTGCGGTG‑CCGGTTTCGCTGAGTGGTACGTTTGCGGCGATGTACGTGTGCGGATTCAGTCCCAAATAACTTGCGTTAATGgcgt > 2:2037997/1‑288 (MQ=255) 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ttACCGGAGTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGG‑TCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCgtgg < 2:596805/289‑1 (MQ=255) tttGCAGGAC‑ACATTTCCGGCGGGCATTGAGCGGCAACTGGCCCAGTATCCTTCCCCCCCCTTTCGCGCCCGGCTGGAAGAAGCAGAGCAAACGCTGCTTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTTGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGG‑TCGAGCCCTTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGa < 2:3146443/287‑1 (MQ=255) gTTGCAGGAA‑ACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTGTCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGG‑TCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTG‑CCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGa < 1:31456/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |