| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,749,261 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,749,261 | 0 | A | T | 99.5% | 952.6 / NA | 403 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (184/217); total (185/218) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.62e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,749,262 | 0 | G | C | 99.8% | 954.4 / NA | 403 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (185/217); total (185/218) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,749,263 | 0 | C | G | 99.5% | 954.8 / NA | 403 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (181/218); total (185/218) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 404 total aligned reads displayed.
CTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACA‑GGTTTAAGCCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTAGCCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCAGCCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCT‑GAGCCTGGTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCCGTTCGTCCTGTTTTTACAAGGGATGGTCAACAGCACGCGTTTCTCCTCCATGAACACCCTGACGCTGAAAGATCTCCCGGACAATCTGGCGAGC > CP042583/1748985‑1749542 ||| cGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACA‑GGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCg < 2:2865513/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |