Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,750,040 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,750,040 | 0 | A | T | 99.8% | 1080.5 / NA | 448 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (224/222); total (226/222) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,750,041 | 0 | G | C | 99.8% | 1077.7 / NA | 448 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (226/221); minor base A (0/1); total (226/222) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,750,042 | 0 | T | A | 100.0% | 1080.2 / NA | 448 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (226/222); total (226/222) |
Only 100 of 448 total aligned reads displayed.
AGCTATTAGCCGGCGAAAAAGGAGCGCGCAATGAAGTTCTGGCGACCCGGTATTACCGGCAAACTGTTTCTGGCGATTTTCGCCACCTGCATTGTCTTGCTGATCAGTATGCACTGGGCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCTTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTAGTTTTGAACACGATAATAGCGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGATCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGTTAACGCGCAATACTGATATCAATTTCGATAAACAACAGCGGCAAACCAGCTGGTTGATTGTCGCCCTGGCAACGTTACT > CP042583/1749761‑1750320 ||| aaaaGGAGCGCGCAATGAAGTTCTGGCGACCCGGTATTACCGGCAAACTGTTTCTGGCGATTTTCGCCACCTGCATTGTCTTGCTGATCAGTATGCACTGGGCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCTTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGataattcggaaga < 1:537758/289‑9 (MQ=255) aGCGCGCAATGAAGTTCTGGCGACCCGGTATTACCGGCAAACTGTTTCTGGCGATTTTCGCCACCTGCATTGTCTTGCTGATCAGTATGCACTGGGCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCTTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAAc < 1:1560352/288‑1 (MQ=255) gcgcAATGAAGTTCTGGCGACCCGGTATTACCGGCAAACTGTTTCTGGCGATTTTCGCCACCTGCATTGTCTTGCTGATCAGTATGCACTGGGCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCTTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAAcc < 1:578145/286‑1 (MQ=255) cgcAATGAAGTTCTGGCGACCCGGTATTACCGGCAAACTGTTTCTGGCGATTTTCGCCACCTGCATTGTCTTGCTGATCAGTATGCACTGGGCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCTTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGataattcg > 1:2163730/1‑271 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |