| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,753,871 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,753,871 | 0 | A | T | 99.2% | 955.4 / ‑5.5 | 403 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,753,872 | 0 | G | C | 99.5% | 945.9 / NA | 403 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (204/196); minor base T (2/0); total (207/196) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,753,873 | 0 | C | G | 99.5% | 955.6 / NA | 403 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (205/194); total (207/196) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 403 total aligned reads displayed.
ACCGCAAAGGTATTTAAAAGGTATTATTAAGTGGTATTGTCATCGCGTACCTTACATTACCTGTCATGAAGGAATTAAAAGATGAAAACAACAGCAAAGCTGAGCTTCATGATGTTTGTTGAATGGTTTATCTGGGGCGCGTGGTTTGTGCCATTGTGGTTGTGGTTAAGTAAAAGCGGTTTTAGTGCCGGAGAAATTGGCTGGAGCTATGCCTGTACCGCCATTGCGGCGATCCTGAGCCCAATTCTGGTTGGCTCCATCACTGACCGCTTTTTCAGCGCGCAAAAAGTGCTGGCGGTATTGATGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACAGCCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCAGTCC > CP042583/1753595‑1754151 ||| ggTATTATTAAGTGGTATTGTCATCGCGTACCTTACATTACCTGTCATGAAGGAATTAAAAGATGAAAACAACAGCAAAGCTGTCGTTCATGATGTTTGTTGAATGGTTTATCTGGGGCGCGTGGTTTGTGCCATTGTGGTTGTGGTTAAGTAAAAGCGGTTTTAGTGCCGGAGAAATTGGCTGGTCGTATGCCTGTACCGCCATTGCGGCGATCCTGTCGCCAATTCTGGTTGGCTCCATCACTGACCGCTTTTTCTCGGCGCAAAAAGTGCTGGCGGTATTGATGt > 1:121613/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |