| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,754,147 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,754,147 | 0 | A | T | 98.8% | 746.3 / NA | 322 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.90e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,754,148 | 0 | G | C | 100.0% | 766.6 / NA | 322 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (160/162); total (160/162) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,754,149 | 0 | T | A | 99.4% | 758.3 / NA | 322 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (158/161); minor base C (2/0); total (160/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
GCGCAAAAAGTGCTGGCGGTATTGATGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACAGCCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCAGTCCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTTCTGCTCTGCTCGGTGTGTTTGCGTTTTTCCTG‑CCCGACACGCCACCAAAAAGCACCGGCAAAATGGATATTAAAGTCATGCTCGGCCTGGATGCGCTGATCCTGCTGCGCGATAAAAACTTCCTCGTCTTTTTCTTCTGTAGTTTCCTGTTTGCGATGCCACTAGCGTTCTATTACATCTTTGCCAACGGTTATCTGACCGAAGTTGGCATGAAAAACGCCACCGGCTGGATGACGCTCGGC > CP042583/1753874‑1754428 ||| aaaaGTGCTGGCGGTATTGATGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCgctg < 1:634712/289‑1 (MQ=255) tttGATGTTCGGCGGCGGGCGTCTAATGTTTTTCGGTGGGCAACAGGCCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCTGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACCCCCCGCTGCTGATTACCGCCgg < 2:121613/287‑1 (MQ=255) aTTGATGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCgg < 2:2589413/288‑1 (MQ=255) tCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTtctgc < 1:1633203/289‑1 (MQ=255) cGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCCGGTGGTTGCGTTCCGCAAATCCTGGGTGATGCCGATATCCCACCGACGAACATCCCGCTGCTGATTAACGCCGGAAGtttcg > 2:1633203/1‑284 (MQ=255) cGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTtctgc > 1:1560156/1‑288 (MQ=255) cAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATACATCACCGACTTACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTtctgct > 2:596381/1‑287 (MQ=255) 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tCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTTCTGCTCTGCTCGGTGTGTTTGCGt < 2:2269796/285‑1 (MQ=255) cgcAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATTCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCACATACTGGGGTATGCCGCTATCACCCCGATTAACATCCCGCTGCTGCTTACCGTCGGACGTTCTGCTCTGCTCGGTGTGTTTGCGTTTTTCCTG‑c > 1:1372686/1‑288 (MQ=255) cAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATTCCTCTGCTGATTACCGCCAGAAGTTCTGCCCTTCTCGGGGGGTTTGCGTTTTTCCTC‑CCCg > 2:846357/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |