Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,756,314 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,756,314 | 0 | A | T | 99.6% | 632.6 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (134/130); minor base C (1/0); total (136/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,756,315 | 0 | G | C | 99.6% | 631.5 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (134/130); total (136/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,756,316 | 0 | T | A | 97.4% | 622.2 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (129/130); minor base C (7/0); total (136/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.46e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
GTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGAGTTTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGCCTGCTCTATTTTTCCGGTTATCAACTGGCCAGCCCCTGCGGCGAATTGTTAGTGGAATGGCTGGAAGAGCTGCAAGACGTGACGCCGTTTATCGATTTTGGCCCACGTATTGGCGATATCCCGGATGCATTACTGGCGCGGATCATGGCCTGTCGACCTTTAGTGAGCCTCAATCGTCAAGAGGCTGAGATTGCCGCCGAACGTTTTGCTTT > CP042583/1756035‑1756594 ||| ccccTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGaa > 1:1878583/1‑285 (MQ=255) ccccTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGaa < 2:1878583/285‑1 (MQ=255) cccTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCgg > 1:2575004/1‑266 (MQ=255) ggTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGGACGCACTTTTATGTCAGTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGtggctggc > 1:2040435/1‑289 (MQ=255) ggTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGtggctggc > 1:1164174/1‑289 (MQ=255) ggTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGtggctgg < 2:923487/288‑1 (MQ=255) ggTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGtggctgg < 1:2339844/288‑1 (MQ=255) ggTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGtggctgg < 1:2656770/288‑1 (MQ=255) gTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGTCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGtggctggc < 1:2203729/288‑1 (MQ=255) aaaCAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGCTGGCGAACGCACTTTTATGTCCTTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCCTGCCCGACTAACCGTTgcg > 2:110214/1‑288 (MQ=255) gCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGc < 1:595064/287‑1 (MQ=255) ggcggcTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGCCTGCTCTAtttt > 1:442556/1‑288 (MQ=255) ggcggcTGCGCACTGAATATTACCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCACAAGAGGGCCTAATCAGCCTGAGCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCCCTTTTATGTCATTCAGCGGTCTTGAAAATCAGTGGAATCCCAAGTGGCTGGCGCTATTAAACGGTGCGCCGGGCATGCGGCTCCAtttt > 2:11591/1‑288 (MQ=255) aCTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGGCCGCCCTTTTATGTCATTCTGCGGTGTTGAAAATTCGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACGGTTGCGGCTGGCAGGCTGCTCTATTTTCTCGGTTactta > 2:2927480/1‑285 (MQ=255) aaTATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGCCTGCTCTATTTTTCCGGTTATCAACTg > 1:230029/1‑288 (MQ=255) gtttGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCGTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGCCTGCTCTATTTTTCCGGTTATCAACTGGcc < 2:2334810/287‑1 (MQ=255) tGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAAGGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGCCTGCTCTATTTTTCCGGTTATCAACTGGcctc > 2:1982143/1‑286 (MQ=255) cGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGCCTGCTCTAtttt < 1:427976/265‑1 (MQ=255) cGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGCCTGCTCTAtttt > 2:427976/1‑265 (MQ=255) 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cTCGGCATCGAAGCGGGTAAGGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGCCTGCTCTATTTTTCCGGTTATCAACTGGCCTCGCCCTGCGGCGAATTGTTAg < 1:2457419/289‑1 (MQ=255) cATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGCCTGCTCTATTTTTCCGGTTATCAACTGGCCTCGCCCTGCGGCGAATTGTTAGTGGa < 2:534106/288‑1 (MQ=255) aaccGAAGGGGGTAATGCCTTGCCGGTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGCCTGCTCTATTTTTCCGGTTATCAACTGGCCTCGCCCTGCGGCGAATTGTTAGTGGa < 2:1069213/285‑1 (MQ=255) 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tgtgGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGAATCGCCAGTGGCTGGCGCGATTAACCGTTGCGCCTGGCAGCCTGCTCTATTTTTCCGGTTATCAACTGGCCTCGCCCTGCGGCGAATTGTTAGTGGAATGGCTgg > 1:1891859/1‑258 (MQ=255) tgGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTGATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGa < 1:2179268/151‑1 (MQ=255) tgGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGaa < 2:2883977/152‑1 (MQ=255) tgGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTGGTTGAGCCGGATGGCGAACGCACTTTTATGTCATTCAGCGGTGTTGAAAATCAGTGGaa > 1:2883977/1‑152 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |