| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,762,541 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,762,541 | 0 | A | T | 99.7% | 777.4 / ‑4.9 | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,762,542 | 0 | C | G | 99.7% | 763.7 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (155/164); total (156/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,762,543 | 0 | T | A | 100.0% | 775.3 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (156/164); total (156/164) | |||||||||||
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
GTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTGGCTGTTATCGGAATACTAACCGTTGTATCTGTAAGTTTACTCTTCGCCGCAACTTCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGGCTACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAGTCAGAACTACTTAAATACACCTGCATTTTCCGACTTGTTTGATTTTGTTGACCTAATAAATTTTTACAACGCAGAATAATATCCCCTTGTTTACTATTTATTGTTGCTTTGTTACCTGTGGCTGGTAATTGACTAACGGGAATACTGTCTAAAGTAATTAATAAATCGTCCGGTTTGCAGGTTGTGGTTATCGGGTTGTAACTCAATGTCAGATTAAAGGAATAGACACCTGCATTTTGTGCCAATGCATTTCTGTAGCTATTTACACATGCATCCCAACTCTTGCCACCTAATAAAC > CP042583/1762265‑1762830 ||| gTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTGGCTGTTATCGGAATTGAAACCGTTGTATCTGTAAGTTTTGACTTCGCCGCAACTTCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAGTCAGAACTTGATAAATACACCTGc < 1:2702015/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |