| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,762,565 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,762,565 | 0 | A | T | 100.0% | 779.9 / NA | 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (156/167); total (156/167) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,762,566 | 0 | C | G | 99.4% | 765.4 / ‑2.6 | 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (154/165); minor base A (1/1); total (156/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.34e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,762,567 | 0 | T | A | 99.7% | 773.6 / NA | 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (156/166); minor base G (0/1); total (156/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
TGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTGGCTGTTATCGGAATACTAACCGTTGTATCTGTAAGTTTACTCTTCGCCGCAACTTCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGGCTACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAGTCAGAACTACTTAAATACACCTGCATTTTCCGACTTGTTTGATTTTGTTGACCTAATAAATTTTTACAACGCAGAATAATATCCCCTTGTTTACTATTTATTGTTGCTTTGTTACCTGTGGCTGGTAATTGACTAACGGGAATACTGTCTAAAGTAATTAATAAATCGTCCGGTTTGCAGGTTGTGGTTATCGGGTTGTAACTCAATGTCAGATTAAAGGAATAGACACCTGCATTTTGTGCCAATGCATTTCTGTAGCTATTTACACATGCATCCCAACTCTTGCCACCTAATAAACACAGTAGAAATTGTAC > CP042583/1762286‑1762846 ||| tGCGGTTGCCTCCAGTTCGCAAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTGGCTGTTATCGGAATTGAAACCGTTGTATCTGTAAGTTTTGACTTCGCCGCAACTTCCTTTAAATTTGTATATCCTTTACTGCTGTTAGTGATATTTAAAAGTGTGACTGGCGAACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAGTCAGAACTTGATAAATACACCTGCATTTTCCGTGATGTTTGa < 2:331280/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |