Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,764,494 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,764,494 | 0 | G | C | 99.7% | 851.2 / NA | 359 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,764,495 | 0 | C | G | 99.4% | 838.2 / NA | 359 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (174/182); total (175/184) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,764,496 | 0 | T | A | 99.4% | 848.0 / ‑5.3 | 359 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (173/183); minor base G (1/1); total (175/184) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 359 total aligned reads displayed.
TGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAAACTCACAGACCCCCAACCTTCTGGCAAACTCTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACGGCTGCTATAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTGCTCGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGGCTCTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCGTGTATTCCAGCCAGCCCCCAAAGTAAACGCGTAATAATTATTCGCGACCATGCTGCCACCATACAGCGTCAATAAATTATTAAAACCATACTGATAACCCGCCTGGACAAAATCACTTTGTTTGCTCGCCCCTTCAATATGGCTACGACCCGCCG > CP042583/1764214‑1764765 ||| cTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACGAATAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCCCAAATttg > 2:2097904/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |