Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,766,817 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,766,817 | 0 | G | C | 99.7% | 897.8 / NA | 374 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,766,818 | 0 | C | G | 100.0% | 894.0 / NA | 374 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,766,819 | 0 | T | A | 100.0% | 905.7 / NA | 374 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (183/191); total (183/191) |
Only 100 of 374 total aligned reads displayed.
TGGAGAAACTTACAATTTTATTTATTAATCCTGCGCCACACGCATAACCAGAGAAGATAACACATCACCACTTTGCACACTGTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAAGGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAAGCTGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTACACCGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACACTATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATGTTCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATACTA > CP042583/1766538‑1767096 ||| ggAGAAACTTACAATTTTATTTATTAATCCTGCGCCACACGCATAACCAGAGAAGATAACACATCACCTGATTGCACTGAGTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAAGGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGtttt > 1:2870736/1‑288 (MQ=255) 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cacGCATAACCAGAGAAGATAACACATCACCTGATTGCACTGAGTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAAGGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACAt > 1:1003476/1‑289 (MQ=255) gCATAACCAGAGAAGATAACACATCACCTGATTGCACTGAGTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAAGGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACAtgct < 2:301661/289‑1 (MQ=255) aTAACCCGAGAAGATAACACATCACCTGATTGCACTGAGTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAAGGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACAtgctgc < 2:716763/289‑1 (MQ=255) 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cactgagTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAAGGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTACACCGACTGCATCATCATAGGTAGaa > 1:58820/7‑289 (MQ=255) actgagTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAAGGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTACACCGACTGca > 2:2511673/6‑273 (MQ=255) ctgagTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAAGGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTACACCGACTGCATCATCATAGGTAGAata > 1:2575106/5‑289 (MQ=255) tgagTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAAGGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTACACCGACTGCATCATCATAGGTAGAatat > 1:2076450/4‑289 (MQ=255) tgagTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAAGGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTT‑CACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTaca > 2:1432131/4‑261 (MQ=255) cAGTTTCAGGTATTTTGGTTTTAACGTAATAGCTTATTGACCTTCCGCTGTATTATAACTATCAATGTTAAAAGGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTACACCGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTAcc < 2:3193362/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |