Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,768,559 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,768,559 | 0 | G | C | 99.4% | 812.0 / NA | 342 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (177/163); minor base A (0/2); total (177/165) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,768,560 | 0 | C | G | 99.7% | 812.5 / NA | 342 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (177/164); minor base T (0/1); total (177/165) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,768,561 | 0 | T | A | 100.0% | 819.6 / NA | 342 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (177/165); total (177/165) |
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
CGCATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATACTATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGGCTAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATACTTGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGAGCTTTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGGCTCAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCG > CP042583/1768280‑1768838 ||| cGCATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGa < 1:195836/289‑1 (MQ=255) cATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGAc > 2:1787269/1‑288 (MQ=255) tCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGAtt > 1:1458769/1‑289 (MQ=255) tggtgACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTTCGCCTAACATTGTTgg > 2:2397746/1‑289 (MQ=255) 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cTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGc < 2:473945/289‑1 (MQ=255) gCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCCACATTGCTGGGATTGTTGGGCGCGAGGTATCGGCGTCACGAATGTCGAcc > 2:247905/1‑286 (MQ=255) gCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACtt > 1:1590908/1‑288 (MQ=255) cAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGc < 1:867486/288‑1 (MQ=255) aTGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATTGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCGGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATCTCGGCGTTCAGCATGCCGACTTTCGCCCCTTCt > 2:41439/1‑288 (MQ=255) ggcATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGcc < 1:2049048/288‑1 (MQ=255) cATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACAttgtt < 2:2731938/214‑1 (MQ=255) cATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAgg > 1:222846/1‑289 (MQ=255) aGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGGATGCCGACTGTCGCCCCTTCCTCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTAcc > 2:844994/1‑288 (MQ=255) aGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTAcc > 2:2532815/1‑288 (MQ=255) aCCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGa > 1:346447/1‑237 (MQ=255) aCCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCcgcca > 1:110872/1‑265 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |