Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,768,685 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,768,685 | 0 | G | C | 99.7% | 924.1 / NA | 390 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,768,686 | 0 | C | G | 99.2% | 916.7 / NA | 390 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (200/187); minor base T (0/3); total (200/190) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,768,687 | 0 | T | A | 99.5% | 916.5 / NA | 390 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (196/190); minor base C (2/0); total (200/190) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 390 total aligned reads displayed.
ATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATACTATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGGCTAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATACTTGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGAGCTTTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGGCTCAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGTGGTGAGGTTATGCTT > CP042583/1768406‑1768963 ||| ctgcccaaaGGTTTCCTGCAACAGCGGCATTAACGCCTTGCTGGCCGTCGGTACACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCAcg < 2:375071/282‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |