Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,768,787 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,768,787 | 0 | G | C | 99.2% | 904.3 / NA | 382 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,768,788 | 0 | C | G | 99.7% | 908.1 / NA | 382 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (189/191); total (190/192) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,768,789 | 0 | T | A | 99.7% | 911.6 / NA | 382 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (189/191); total (190/192) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 383 total aligned reads displayed.
ATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGGCTAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATACTTGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGAGCTTTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTC‑ACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTT‑ATGGCTCAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGTGGTGAGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGCGACCATTGCGCGCAAGGCTTCTGGACTTTTGGCCTGGGATTGTTCGTTCATCCCGACTCCTTTTTTGTA > CP042583/1768508‑1769068 ||| aTTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTC‑ACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTT‑ATGCGACAGTTTc < 1:29184/289‑1 (MQ=255) tGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGGTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGTTTCTTCAACGC‑TTTCAGGGTCGCTTAGTTAATCGCAC‑GTTTCCAGTCg > 2:29184/1‑289 (MQ=255) ccAGGCCATGAGACATAATGGGGGCCAGATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTAGACTCTGAGTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGAGGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTC‑ACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTT‑ATGCGACAGTTTCCAGTCGa < 1:2658654/288‑1 (MQ=255) gaTCGGGGCCCTATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGGTTTTCTGCGCCAACCATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTC‑ACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTT‑ATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTg < 2:2509341/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |