Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,776,865 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,776,865 | 0 | A | T | 99.7% | 690.5 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,776,866 | 0 | G | C | 99.7% | 686.1 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (149/137); total (149/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,776,867 | 0 | T | A | 99.7% | 687.4 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (149/137); total (149/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
AGCACGGAATCTCTTGCGCAACGCATGGAACAAAAAAGTGGACGAGTTGTATTACAGGAACTGGGTTTTGGGGATGATGTATGGCTGTTTCTGAATTATATACTCCCCGGAAAACTGGATGCTGCACGCAATAGTCTCTTTGTTCAGTGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGAAAATGACAACTACAGTCATTATCGTCCGGAAAAGAGTGTCTGGAACCTGTATTTATTGGCACAGTTGCCGCGTGAGATGGCTTTGACCTTCTGGCTGCGTATCAATGAGAAAAAGCATCTGTTCGCGGGTGAGGACTATTTTCTCAGTATCCTCGGATTGGATGCGCTACCAGGTCTGCTGTTGGCTTTTAGTCATCGTCCAAAAGAAACATTTCCGTTAATTTTAAATTTTGGCGCAACAGAACTGGCGCTGCCTGTTGCCCACGTCTGGCGACGTTTCGCGGCGCAGCG > CP042583/1776586‑1777142 ||| tggcgcAACGACTGGAACAAAAAAGTGGACGAGTTGTATTACAGGAACTGGGTTTTGGGGATGAGGTATGGCTGTTTCTCAATTATATACTCCCCGGAAAACTGGATGCTGCACGCAATTCACTCTTTGTTCAGGGGCATTACTACCAGGGGCGGGTTGAAGAGATCCTGAATGGCTGGAACTCCCCGGAAGCACAATTAGCAGAACAGGCGCTCCGCAGCGGTCACATAGAAGCGTTAATTAACATATGGGAAAATGACAACTACTCACATTATCGTCCGGAAAagag < 2:1369819/287‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |