| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,779,103 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,779,104 | 0 | G | C | 99.5% | 519.0 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (100/116); minor base A (1/0); total (101/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,779,105 | 0 | T | A | 100.0% | 524.9 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (101/116); total (101/116) | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
ACACGACTTACCAGCGGGGAAAGCGATGATCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAAAGTCCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGAATAATATACTCTAAATAATTCAAATTGGTCCGATCCGGCGCAACGTCCCAATGGCCTGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCT > CP042583/1778829‑1779380 ||| acacGACTTACCAGCGGGGAAAGCGATGATCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGAAACTGTa < 2:554792/289‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |